基于生物信息学探讨胰腺导管癌患者基因表达谱的变化

目的分析胰腺癌患者癌组织和癌旁组织的差异表达基因特征及其关键调控蛋白,为胰腺癌的预防及治疗提供理论依据。方法从Pubmed基因芯片数据库(GEO Database)中下载胰腺癌患者基因芯片数据,并将数据导入GCBI、networkAnalyst及Genclip等分析软件,分析癌组织和癌旁组织的基因表达谱、基因功能、蛋白质相互作用网络等,筛选两组之间的关键节点基因。结果癌组织和癌旁组织的基因表达谱有明显差异;在分析的28 869个基因中,癌组织和癌旁组织之间有4 447(15.40%)个差异表达基因;前250个差异表达基因蛋白相互作用网络分析发现5个关键蛋白(SMURF1、MET、BCL2L1、RALA和ERBB4),主要与蛋白结合及细胞外区域信号通路密切相关。结论癌组织和癌旁组织的基因表达谱有明显不同,提示基因转录谱在肿瘤的发生中发挥着调节作用;SMURF1及MET基因对胰腺癌的发生均有一定的预测能力,并可能受到蛋白结合和细胞外区域信号通路的调节而发挥生物学作用。     

不同表型的人宫颈癌细胞亚克隆株的基因表达谱

目的　采用基因芯片技术分析同一人宫颈癌细胞株来源 ,锚着依赖性不同的两个亚克隆细胞株的侵袭相关基因表达。方法　采用有限稀释法建立CS12 13细胞的CS0 3和CS0 7亚克隆细胞株 ,检测其在软琼脂中的集落形成率 ,分别用流式细胞术和免疫组化法观察细胞黏附分子CD4 4和E cadherin、Fibronetin的表达 ,并将CS0 3和CS0 7细胞的总RNA经逆转录获得的cDNA作为探针 ,与含 10 11个与细胞信号转导和细胞膜受体相关基因表达谱芯片杂交 ,信号用ScanArray 30 0 0扫描分析。结果　CS0 3和CS0 7细胞的集落形成率分别是 0和 38.5 % ,CD4 4表达分别是 35 .1%和 13.7% ;两者的基因表达谱差异明显 ,CS0 3细胞中表达上调的基因为 12个 ,CS0 7细胞中有 2 1个基因表达增加 ,其中一些与细胞增生、迁移、凋亡 ,细胞间信号传导和肿瘤转移相关 ,包括p34cdc2 、转化生长因子 β刺激蛋白 (TSC2 2 )、纤维蛋白酶原活性因子抑制剂 (PAI 1)和桥粒相关蛋白 (PININ)等。结论　同一来源的人宫颈癌细胞株中有多个差异表达基因 ,它们参与人宫颈癌细胞的表型特征 ,可能影响肿瘤的进展。     

辛伐他汀对人慢性粒细胞白血病细胞K562基因表达的影响

目的应用基因芯片技术研究辛伐他汀对K562细胞基因表达的影响,初步探讨其作用机理。方法辛伐他汀作用K562细胞48h后,提取细胞总RNA。纯化mRNA后再逆转录为cDNA,将cDNA在体外转录合成cRNA,用随机引物反转录为cDNA,用Klenow酶标记Cy3、Cy5,与定制的包含人全基因组的基因芯片杂交,扫描芯片荧光信号,用GenePixPro4.0图像分析软件对芯片图像进行分析。定量RT-PCR验证芯片结果中两个差异表达基因。结果基因芯片检测发现共有176条基因表达发生明显改变,包括16条未知基因表达改变。其中151条基因表达上调,25条基因表达下调。根据基因功能的不同,我们初步将其分为凋亡相关、信号转导相关、细胞周期相关等几大类。定量RT-PCR验证的基因表达变化趋势与表达谱芯片的结果相吻合。结论辛伐他汀作用K562细胞后能引起多种基因表达改变,这为探讨其作用机制提供了新的依据。     

应用基因芯片技术对Graves病免疫相关基因的研究

目的　应用基因芯片技术研究Graves病 (GD)和正常成人甲状腺组织免疫相关基因的差异表达 ,探讨Graves病的发病机制。方法　GD组为我院普外科GD患者手术切除的甲状腺组织 ,正常对照组标本取自本科甲状腺腺瘤患者瘤旁正常组织。诊断均经临床及病理证实。组织离体后立即液氮保存备用。两组各取组织 2 0 0mg ,进行总RNA抽提及mRNA纯化。 5 78点免疫相关基因表达谱芯片、芯片杂交试剂盒购自联合基因公司。用cy 5d UTP标记GD组 ,用cy 3d UTP标记正常对照组 ,将芯片和标记探针杂交 ,用ScanArray 30 0 0扫描芯片 ,观察扫描结果。ImaGence 3.0软件分析cy 3、cy 5两种荧光信号的强度和比值。基因显性差异表达的标准为 :Ratio>2 .0或Ratio<0 .5 (Ratio=cy 5 /cy 3)。 结果　GD患者和正常对照组之间共筛选出 80条差异表达基因 (已全部在GenBank登录 ) ,其中表达增加的基因有 31条 ( 2 .0倍以上 ) ,表达降低的基因有 4 9条 ( 0 .5倍以下 )。从中可发现差异表达的基因不但包括细胞因子及其受体相关基因 ,还与抗氧化、细胞受体、细胞信号转导、蛋白翻译合成、DNA结合转录、细胞器的融合等基因的表达密切相关。结论　基因芯片筛选GD与正常成人甲状腺组织差异表达基因具有样品用量少、高速度、高敏感等特性。GD的发病是多     

基因表达谱芯片技术筛选乙型肝炎病毒核心蛋白结合蛋白基因C1反式调节基因

目的对未知功能基因C1转染人肝母细胞瘤细胞系(HepG2)后的基因表达谱进行分析,探索该基因的表达对肝细胞基因表达谱的影响及其可能的调节功能线索。方法以分子生物学技术构建C1的真核表达载体pcDNA3.1(-)-C1,以表达质粒pcDNA3.1(-)-C1转染HepG2细胞,空载体pcDNA3.1(-)为平行对照,制备转染后的细胞裂解液,提取mRNA,逆转录为cDNA。应用基因表达谱芯片技术对差异表达的mRNA进行检测和分析。结果HepG2细胞经转染C1表达质粒后,有26条差异表达基因,其中24条基因表达水平下调,2条基因表达水平上调。这些差异表达的基因与细胞信号转导、凋亡、细胞增生分化及肿瘤的发生密切相关。结论应用基因表达谱芯片成功筛选了C1转染细胞后差异表达基因,为进一步阐明C1蛋白可能的生物学功能及乙型肝炎病毒核心蛋白的致病机制提供了理论依据。     

染氟成釉细胞差异表达基因的初步筛选

目的利用基因芯片技术筛选染氟成釉细胞的差异表达基因,以观察氟对离体成釉细胞基因表达的影响,探讨氟牙症发病过程中的基因变化,为进一步从分子水平研究氟牙症的发病机制提供线索。方法利用基因芯片分别检测离体培养的成釉细胞和经5mg/L的氟化钠处理48h后的成釉细胞的基因表达谱,并利用生物信息学方法对检测结果进行分析。结果实验组相对于对照组上调2倍以上的基因数为379个,下调2倍以上的基因数为1 014个,差异基因涉及细胞的生物过程调节、细胞的分化、代谢、细胞器、细胞内组分、金属离子的结合、DNA的结合、受体活性、磷酸酶活性、信号转导活性、蛋白质结合作用、转移酶活性、组织的矿化等方面。结论氟化物影响了成釉细胞内基因的表达,氟牙症的发生可能不仅仅是个理化过程,可能与多个生物调节机制有关。     

盐负荷对培养人内皮细胞基因表达谱的影响

目的 利用基因芯片技术检出与培养基盐浓度直接相关的人内皮细胞差异表达基因.方法 以培养人脐静脉内皮细胞为研究对象,用10mmol/L NaCl干预培养的内皮细胞12h,用8000点表达谱基因芯片检测出干预组和对照组的内皮细胞差异表达基因.结果 8000点基因芯片检测结果发现10mmol/L NaCl干预组内皮细胞D63424、HUMTOPII、HUMMTTRPR、HSRAB7、HUMDNAJHOM(GenBank ID)等24个基因的表达较对照组显著上调,而HUMHHR6A、AF116272、AF131808、I78456、HSA011712等27个基因表达显著下调.结论 发现了与盐负荷直接相关的培养人脐静脉内皮细胞差异表达基因谱的改变,为进一步进行血压盐敏感性标志的筛选提供依据.     

β-榄香烯对肾癌细胞的体外放射增敏作用

目的　探讨 β 榄香烯对肾癌细胞GRC 1的体外放射增敏作用及机理。 方法　将GRC 1细胞分为空白组 (加培养液 2mL)、空白乳组 (加空白乳培养液 2mL)和加药组 (加 5 0mg·L -1榄香烯乳培养液 2mL) ,培养 2 4h后 ,3组细胞悬液在剂量率 4 0 0cGy·min-1时 ,分别接受来自 6MeV直线加速器不同剂量的x线照射。计数被照细胞克隆群数 ,绘制细胞放射 存活曲线图。流式细胞仪检测各组细胞的周期变化与凋亡。对 3组爬片细胞进行免疫细胞化学染色 ,成像系统灰度分析bcl 2与PCNA基因表达。结果　流式细胞术显示 ,5 0mg·L -1榄香烯乳对肾癌细胞的G2 M阻滞作用随时间增加而增强 ,2 4h时作用达高峰 ;随时间和照射剂量的增加细胞凋亡水平增高。细胞爬片的成像系统灰度分析显示加药组与空白组相比 ,bcl 2基因表达降低 2 0 % ,而两组PCNA无表达。结论　β 榄香烯乳对肾癌细胞GRC 1有放射增敏作用 ,其作用机制可能与下调bcl 2基因表达 ,诱导GRC 1细胞凋亡和对细胞G2 M期阻滞有关     

应用基因芯片技术筛选克山病差异表达基因

目的应用基因芯片技术筛选克山病(Keshan disease,KD)患者和正常对照者外周血差异表达基因并对其进行分析,探讨KD发病的分子机制。方法收集16例KD患者和16例病区健康对照外周血样品,提取总RNA,纯化后合成cRNA探针;采用Agilent全基因组表达芯片检测基因表达的差异,以SAM4.0软件,结合IPA软件比较KD患者和正常对照个体外周血中的基因表达谱差异、功能及通路分析。结果与对照组相比,KD患者血样中差异表达基因上调的有59个,下调的有19个,基因功能主要涉及代谢、转录、离子通道与运输蛋白、蛋白质的合成与修饰、信号转导等;生物功能主要涉及细胞凋亡、细胞功能修复、分子转运、细胞增殖和分化、细胞间信号转导等。网络蛋白介导的内吞作用是差异最显著的通路。结论 KD患者外周血单核淋巴细胞多个差异表达基因显著不同于正常人,主要涉及细胞增殖、细胞凋亡、细胞功能修复等,这些基因可能在克山病发生发展中发挥重要的作用。     

Apoptosis of motor neurons in the spinal cord after ischemia reperfusion injury delayed paraplegia in rabbits

Objective To clarify the pathologic change of the motor neuron on spinal cord ischemia reperfusion injury delayed paraplegia. Methods The infrarenal aorta of White New Zealand rabbits （n=24） was occluded for 26 minutes using two bulldog clamps. Rabbits were killed after 8, 24, 72, or 168 hours （n=6 per group）, respectively. The clamps was placed but never clamped in sham-operated rabbits （n=24）. The lumbar segment of the spinal cord （L5 to L7） was used for morphological studies, including hematoxylin and eosin staining, the expression of bcl-2 and bax proteins in spinal cord was detected with immunohistochemistry. The apoptotic neurons in spinal cord were measured with terminal deoxynucleotidyl transferase mediated dUTP-biotin nick end-labeling of DNA fragments （TUNEL） staining. Results Delayed paraplegia occurred in all rabbits of ischemia reperfusion group at 16-24 hours, but not in sham groups. Motor neurons were selectively lost at 7 days after transient ischemia. After ischemia, the positive expression of bcl-2 protein were in the sham controls but decreased significantly as compared with that of the IR group （P〈0.01）, especially in 72 hours reperfusion. The positive expression of bax protein were also in the sham controls, but increased in the IR group, especially in 72 hours reperfusion; In addition, TUNEL study demonstrated that no cells were positively labeled until 24 hours after ischemia, but nuclei of some motor neurons were positively labeled at peak after ischemia reperfusion at 72 hours. Oenclusion Spinal cord ischemia in rabbits induces morphological and biochemical changes suggestive of apoptosis. These data raise the possibility that apoptosis contributes to neuronal cell death after spinal cord ischemia reperfnsion.     

神经细胞凋亡在脊髓缺血再灌注损伤延迟性瘫痪中的作用

目的研究细胞凋亡在脊髓缺血再灌注损伤发生延迟性瘫痪中的作用。方法将48只新西兰白兔随机分为2组:对照组(sham)和缺血再灌注组(IR)。参照并改进Zivin方法建立兔脊髓腰骶段缺血再灌注延迟性瘫痪模型,比较各组动物不同时间点后肢运动功能及病理形态学变化;采用原位末端脱氧核糖核酸酶转移介导的脱氧尿三磷酸(dUTP)标记法(TUNEL法)检测神经细胞凋亡水平。结果HE染色显示,再灌注8 h组神经细胞形态基本正常,结构清楚,灰质中有少量空泡,但神经元细胞结构完好;再灌注24 h组:灰质中前角神经元细胞破坏严重,空泡形成,无明显炎症细胞浸润;再灌注72 h组:灰质前角中大量空泡形成,尚残存数个结构清楚的运动神经元,有明显炎症细胞浸润;再灌注168 h组:灰质中运动神经元消失,残存数个固缩坏死神经元。TUNEL法染色显示,sham组及再灌注8 h后,仅见非特异性染色。再灌注24 h后出现大量阳性细胞,至再灌注72 h阳性细胞数量达到最高峰,主要分布在前角运动神经元。再灌注1周后,灰质结构破坏严重,仅有少量神经元幸存,但其阳性细胞平均积分吸光度值仍较对照组高。结论脊髓缺血再灌注后发生延迟性瘫痪时,神经元死亡的方式主要是细胞凋亡。     

白藜芦醇对大鼠重症急性胰腺炎肠黏膜细胞凋亡的影响

目的探讨白藜芦醇对试验性大鼠重症急性胰腺炎肠黏膜细胞凋亡及凋亡调控基因Bax蛋白表达的影响。方法54只成年雄性SD大鼠随机分为假手术组(sham operation group,SO)、模型组(severe acute pancreatitis,SAP)、治疗组(resveratrol-treated group,RES)。假手术组于开腹翻动十二指肠后关腹,模型组以40 g/L牛磺胆酸钠1 mL/kg胰胆管逆行注射制造重症急性胰腺炎模型。治疗组制模后立即于阴茎背静脉注射等剂量白藜芦醇(5 mg/mL1、0 mg/kg)。于3、61、2 h 3个时间点各剖杀6只大鼠。TUNEL法检测肠黏膜上皮细胞凋亡,免疫组化法检测小肠组织中Bax蛋白的表达。结果治疗组3、6、12 h肠黏膜细胞凋亡指数明显低于模型组(P<0.01)。治疗组各时间点Bax蛋白表达阳性率显著低于模型组(P<0.01)。结论白藜芦醇可通过抑制肠黏膜上皮细胞的凋亡,维持肠黏膜屏障的完整性,从而防止了急性重症胰腺炎细菌和毒素的移居。     

THE EXPRESSION OF BCL-2, BAX AND CASPASE-3 IN NEURON OF THE SPINAL CORD ANTERIOR HORN AFTER CAUDA EQUINA ACUTE COMPRESSION

Objective To explore the influence of the acute cauda equina compression on the iumbosacral spinal cord; To clarify the pathologic change of the motor neuron after acute cauda equina compression. Methods 27 canis familiaris were randomly divided into 9 groups （3 in each） ： one for normal group, one for control group, and seven for compression groups. The control group and compressed groups was given operation and the sac made of silica gel was placed under the lamina of L5-6. Water was injected into the sac until their posterior legs paralysis in compressed groups, the animals had been compressed for 4, 8, 12, 24, 48, 72, 168 hours. The control group were not injected water. Cells apoptosis was investigated with the technology of TdT-mediated biotin dUTP nick end-labeling （TUNEL） staining. The Bcl-2 Bax and Caspase-3 protein was investigated by immunohistochemical method. Results TUNEL staining cells in anterior horn presented after compressed 8-12 hours, and at 72 hours the number of positive cells got to maximum, it decreased subsequently after 168 hours. The protein of Bax, Bcl-2 expressed a little in normal motor neuron. The caspase-3 protein didn＇t express in normal ceil. They all reached the peak at 72 hours after compression. Conclusion The apoptosis of motor neuron occurred earlier after eauda equina acute compression. Bax protein restrained Bcl-2 protein then active caspase-3 and conduced apoptosis of motor neuron.     

THE EXPERIMENTAL STUDY ON THE CELL APOPTOSIS AND EXPRESSION OF BCL-2 PROTEIN IN INTRACEREBRAL HEMORRHAGE IN MODEL OF RATS

Intra-cerebral hemorrhage is a common clinicaldisease,with a high mortality and morbidity.So itis one of the clinical hot topics.It has been foundinrecent years that there is a close relationship bet weenthe cell apoptosis and the course or prognosis of in-tra-cerebral hemorrhage.Bcl-2,as the apoptosis-adjusted gene,plays ani mportant role in the courseof cell apoptosis,but the mechanis min the cell ap-optosis in intra-cerebral hemorrhage remains un-clear.In this experi ment,with the model bui…     

两性畸形六例细胞遗传学的分析

<正> 性分化异常及酶的缺陷可导致两性畸形,细胞遗传学的检查有助于性别的鉴定及疾病的诊治。我院由1979年至1982年10月遗传咨询门诊中,有6例两性畸形患者检查了染色体核型,结果如下:     

siRNA AGAINST SURVIVIN SUPPRESSES THE PROLIFERATION OF PANCREATIC CANCER CELL PC-2 AND INDUCES ITS APOPTOSIS

Survivinis a member of the inhibitor of apop-tosis family,whichinhibits cell apoptosis and regu-lates cell division.Survivin is expressed in embry-onic tissues as well as in the majority of humancancers,but is not expressed in most nor mal adulttissues.The highly cancer-specific expression ofSurvivin,coupled withits i mportance in inhibitingcell apoptosis and in regulating cell division,makesit a useful diagnostic marker and ideal target forcancer treat ment[1].RNAi is a process of post trans…     

Oleanolic acid-induced apoptosis and its relation with intracellular calcium in human lung adenocarcinoma A549 cells

Objective To investigate the effect of oleanolic acid (OA) on apoptosis, correlation between apoptosis and intracellular calcium, and its mechanism in human lung adenocarcinoma cell line A549. Methods Human lung adenocarcinoma A549 cells were incubated in vitro and assigned with OA concentrations of 0, 10, 20 and 40μg/mL. The apoptosis status of A549 cell line was detected with Annexin V-FITC/PI by flow cytometry (FCM); fluorescence intensity (FI) of A549 cells was assessed and the level of intracellular calcium was calculated at 24 hour of OA intervention. The relation between apoptosis and calcium FI was illustrated by curve fitting. Results FCM showed that 10, 20 and 40μg/mL of OA could induce A549 cell apoptosis, which followed a concentration-effect pattern; 24-hour intervention with 20μg/mL and 40μg/mL OA showed increased A549 cell apoptosis, and was significantly different from that with 0μg/mL OA (P<0.01). The FI of intracellular calcium concentration in 10, 20 and 40μg/mL OA groups was significantly higher than that in 0μg/mL group after 24 hours' intervention, and the FI showed a trend of increase with increased OA concentration (P<0.01). Curve fitting showed a significant correlation between apoptosis rate and intracellular calcium concentration in A549 cells (r=0.981, P<0.01). Regression equation was Y=0.508X-1.627. Conclusion OA plays a role in inducing apoptosis of human lung adenocarcinoma cells in a concentration-dependent manner. The OA-induced apoptosis is responsible for intracellular calcium overload of the tumor.     

全脑缺血再灌注损伤后JUN蛋白在大鼠海马的表达及热休克预处理对其表达的影响

目的研究全脑缺血再灌注损伤后JUN蛋白在大鼠海马的表达及热休克预处理对其表达的影响。方法以四血管法建立全脑缺血再灌注模型。将大鼠置于42℃中15 min行热休克预处理,全脑缺血6 min后行2 h、6 h、12 h、24 h3、d、5 d再灌注后处死,取海马脑组织行HE染色、JUN蛋白免疫组化染色,TUNEL法检测凋亡细胞。结果缺血再灌注后2 h JUN蛋白在CA1区开始表达,6 h达到高峰,5 d时仍有表达;CA3区JUN蛋白的表达弱于CA1区(P<0.05);同时CA1区细胞损伤明显。热休克预处理组JUN蛋白表达在CA1和CA3区相应时点减弱(P<0.05),细胞损伤轻微,凋亡细胞减少(P<0.05)。结论全脑缺血再灌注损伤后JUN蛋白过度表达参与了神经元损伤过程,热休克预处理通过下调JUN蛋白过度表达具有脑保护作用。     

大鼠骨髓间充质干细胞定向成骨细胞分化中碱性磷酸酶的变化

目的　研究大鼠骨髓间充质干细胞药物诱导定向成骨细胞分化特性及分化过程中碱性磷酸酶的变化。方法　用质量浓度为 1.0 73kg·L-1的Percoll分离骨髓间充质干细胞 ,再连续进行 3次换液以纯化骨髓间充质干细胞。加药物 β 甘油磷酸钠、地塞米松和维生素C诱导骨髓间充质干细胞定向成骨细胞分化。在加药后 5、10、15、2 0d用比色法检测细胞中碱性磷酸酶含量。改良Gomori染色 ,统计阳性细胞百分率。结果　梯度密度离心和黏附贴壁法联合使用可得到均一的骨髓间充质干细胞。用比色法测得在第 5、10、15、2 0d ,碱性磷酸酶含量 (A40 5)分别为 0 .391± 0 .0 2 14、0 .4 345± 0 .0 2 31、0 .8781± 0 .0 2 96和 0 .933± 0 .0 2 36 ;对照组为 0 .16 5 6± 0 .0 2 4 2、0 .15 2 8± 0 .0 2 15、0 .14 5 3± 0 .0 2 0 4和 0 .14 35± 0 .0 2 16。同时期改良Gomori染色阳性细胞率分别为 10 .35 %、11.4 8%、35 .2 8%和 4 6 .7%。结论　大鼠骨髓间充质干细胞经药物诱导后可以分化成成骨细胞。在分化过程中碱性磷酸酶含量从给药后的 10d左右才开始显著升高。在此过程中改良Gomori染色结果与其保持一致