基于Gauss-EMD的DNA序列相似性分析

提出了高斯-经验模态分解(Gauss-EMD)算法,在固有模态函数筛选过程中,用高斯径向基函数插值极值包络线,并将该算法应用于DNA序列的相似性分析当中.这个方法可以简单直观地通过分析DNA序列的余量来分析序列的相似性,通过四个物种线粒体DNA序列实例验证了新算法相较于经典的经验模态分解算法更适用于DNA序列的局部相似性分析.     

2013年西安地区柯萨奇病毒A6流行情况及基因特征

目的研究2013年西安地区普通手足口病(HFMD)病例中柯萨奇病毒A6型(CA6)的流行情况及其基因特征。方法从2013年采集的普通HFMD病例标本中随机挑选250份非肠道病毒71型(EV71)非柯萨奇病毒A16型(CA16)的其他肠道病毒核酸阳性者,利用实时荧光逆转录酶联聚合反应检测CA6,扩增部分阳性标本VP1(viral protein,VP)基因,并测定序列,与CA6其他参考序列比对,进行进化分析。结果在250份样本中CA6阳性者共191份,阳性率为76.4%。进化分析显示西安地区2013年CA6与近年来流行于世界各地的CA6新变种同源性较高,而与原型株进化距离较远。序列比对发现本地毒株VP1与CA6新变种核苷酸序列相似性在89.7%⁹7.5%,编码氨基酸相似性为96.0%97.5%,编码氨基酸相似性为96.0%⁹9.7%;与CA6原型株及2006年以前中国大陆分离株核苷酸相似性为82.3%99.7%;与CA6原型株及2006年以前中国大陆分离株核苷酸相似性为82.3%⁸3.8%,氨基酸相似性为93.8%83.8%,氨基酸相似性为93.8%⁹4.9%。结论 2013年西安地区HFMD普通病例病原以CA6为主,流行株为近年来流行于全球各地的CA6新变种。     

RNA二级结构的数学表示及其应用

根据RNA二级结构的基本序列在3-D空间中定义了使核苷酸集与点集之间一一对应的映射,进而利用这个映射在3-D空间中得到了RNA二级结构的新的3-D有向图形表示,然后基于3-D有向图形表示把RNA二级结构转化为特征向量序列和L/L矩阵,提取特征向量序列的夹角余弦和的平均值和L/L矩阵的不变量（特征值）,并作为特征向量来刻画RNA二级结构,最后利用特征向量之间的距离来描述序列或结构的不变性来分析了AIMV-3等九种病毒的RNA二级结构的相似性,得到了比较好的结果.     

RNA二级结构的数学表示及其应用

根据RNA二级结构的基本序列在3-D空间中定义了使核苷酸集与点集之间一一对应的映射,进而利用这个映射在3-D空间中得到了RNA二级结构的新的3-D有向图形表示,然后基于3-D有向图形表示把RNA二级结构转化为特征向量序列和L/L矩阵,提取特征向量序列的夹角余弦和的平均值和L/L矩阵的不变量(特征值),并作为特征向量来刻画RNA二级结构,最后利用特征向量之间的距离来描述序列或结构的不变性来分析了AIMV-3等九种病毒的RNA二级结构的相似性,得到了比较好的结果.     

基于序列比对的行人过街风险识别研究

行人过街序列反映了行人-机动车的行为交互在时空的连续性,对行人过街序列进行风险识别并对其关联影响因素进行分析有助于评估不同情景下行人过街行为的风险性. 本文对行人-机动车在交叉口区域内的碰撞事故数据进行挖掘分析.借鉴生物信息学的序列比对方法,对行人过街事故序列进行相似性比对及聚类分析,并基于灰色关联方法分析事故序列的风险耦合.结果表明,行人-机动车在交叉口的风险事故序列主要分为6种,Seq2与Seq5,Seq3与Seq4的事故诱因存在相似性;天气不是Seq1的事故诱因,Seq2与Seq5的事故主要归因于驾驶员.研究结果对完善行人交通风险管理有一定的理论价值和实践意义.     

基于蚁群搜索的三维CAD模型相似性计算

模型相似性计算是三维CAD模型检索中的关键技术.为了更准确地区分模型之间的差异,提出了一种基于蚁群搜索的模型相似性计算方法.首先,根据边数的差异度量源模型面与目标模型面之间的形状相似程度,并引入面邻接对应关系矩阵衡量两个模型之间的结构相似性;其次,使用蚁群算法搜索源模型与目标模型之间的最优面匹配序列,以最优面匹配序列为基础来计算两个模型之间的相似性;最后,使用贪心算法和本文所提出的方法分别计算源模型与目标模型之间的相似性,并进行对比实验.实验结果表明:在计算关键模型的相似性时,本文所提出方法的计算结果比贪心算法提高了8.33%;与贪心算法相比,本文方法能够有效区分实验中的10个模型.     

新型杂多化合物抗禽流感病毒的实验研究

目的探讨新型杂多化合物(PTW)抗禽流感病毒的作用。方法采用细胞病变法结合MTT法检测PTW对MDCK细胞的毒性和对禽流感病毒(H5N1)的抑制作用;以H5N1感染的小鼠为实验模型,检测PTW对H5N1感染小鼠的治疗作用。结果PTW对MDCK细胞的最大无毒质量浓度为190.55 mg/L,半数致死质量浓度为909.9 mg/L;体外实验结果表明PTW对禽流感病毒半数抑制质量浓度(IC50)为13.49 mg/L,治疗指数(TI)为67.44;体内实验显示PTW对H5N1感染小鼠有明显的治疗作用,25 mg/kg剂量组对H5N1感染小鼠的肺炎抑制率达166.16%,生命延长率为28.36%。结论PTW对H5N1禽流感病毒具有较好的抑制作用。     

注意力孪生网络在生物医学文本相似性上的应用

将注意力机制引入到孪生网络中,利用注意力机制提取词的权重并影响孪生网络输出的语义特征,降低输入序列的噪音,而加强了两个序列的相互关系,从而提高改进孪生网络的性能.在两个生物医学文本相似性语料上(SICK和DBMI)的实验结果表明,注意力机制的孪生网络对评估文本相似性的性能有大幅度的提升(在SICK和DBMI数据集上,皮...     

公共交通乘客个体活动链的日相似性研究

刷卡数据为研究公共交通乘客长期出行规律提供了数据基础.利用北京市2018年 4~5月的刷卡数据,通过提取乘客活动地,推断居住地位置和识别活动类型3个步骤构建乘客个体活动链;基于PrefixSpan算法提取普通卡、老年卡、学生卡乘客活动链的频繁序列模式,采 用Levenshtein距离度量3类乘客活动链日维度的相似性.结果表明：每类用户中约70%乘客的频繁活动序列是对称模式;普通卡和学生卡用户的相似性高于老年卡用户,平均值分别为 0.645、0.649和0.530;3类乘客的工作日与非工作日活动链具有明显差异,而工作日之间或非工作日之间具有较高相似性.本文有助于定量解析公共交通乘客的出行活动规律,为科学优化公共交通服务提供依据.     

公共交通乘客个体活动链的日相似性研究

刷卡数据为研究公共交通乘客长期出行规律提供了数据基础.利用北京市2018年 4~5月的刷卡数据,通过提取乘客活动地,推断居住地位置和识别活动类型3个步骤构建乘客个体活动链;基于PrefixSpan算法提取普通卡、老年卡、学生卡乘客活动链的频繁序列模式,采 用Levenshtein距离度量3类乘客活动链日维度的相似性.结果表明：每类用户中约70%乘客的频繁活动序列是对称模式;普通卡和学生卡用户的相似性高于老年卡用户,平均值分别为 0.645、0.649和0.530;3类乘客的工作日与非工作日活动链具有明显差异,而工作日之间或非工作日之间具有较高相似性.本文有助于定量解析公共交通乘客的出行活动规律,为科学优化公共交通服务提供依据.     

基于分词的语句相似度计算的改进

语句相似度体现的是两个句子之间的相似程度。语句相似度计算是FAQ和信息检索等方面核心技术之一。针对基于分词的相似度计算过于依赖实际的分词效果,在原相似度计算模型中增加了两个句子不分词时的词形相似度计算,以缓解因为句子分词不准确而导致相似度计算结果偏低的情况。结合“数据结构”课程问答系统的实验,结果表明,改进的方法比原方法有较高的准确率。     

一种考虑分类的石材图像相似性比对算法

在基于颜色的图像相似比较中,传统的处理方法大多采用各子空间的概率作为特征,在此基础上定义图像的距离和相似度.但这些方法可能导致色彩比对失真的情况出现;在同一类的石材中颜色和纹理有很大的差异,甚至会出现两张分属异类的石材图像在单纯从颜色、纹理等特征上进行判断比同类很多石材图像更为"相似".文中引入了先对石材的样本图像进行分类,定义图像与各大类的相似度.在类内定义较为一般性的相似度.综合二者给出图像的整体相似度定义,实验表明该方法具有较好的分类效果和较合理的石材图像相似度.     

石家庄六线隧道模型试验相似材料研究

满足相似关系的模型材料是模型试验成功的关键。在调研相似材料研究现状的基础上,依托石家庄六线隧道模型试验项目,应用量纲分析法推导出了相关参数的相似判据。根据相似原则,以粘聚力和摩擦角为主要相似判据,选用重晶石粉、石英砂和凡士林的混合物为模型材料,通过正交设计法研制出了地层相似材料。以抗压强度为相似判据,选用石膏材料为模型材料,研制出了灌注桩和锚索注浆体相似材料。     

水工模型中变态船模的相似性

为将变态船模应用在变态水工模型试验中,从理论上对变态船模的运动特性等进行分析。变态船模在水中运动应满足几何相似、运动相似、动力相似、操纵性相似等相似条件。从水工模型相似律入手,讨论变态船模在水工模型中的相似规律。     

雷诺数相似喷水推进船模预报实船推进性能

通过在数值计算中调整流体粘度系数,实现缩尺船模与实船雷诺数相似,进而消除尺度效应的影响.在弗劳德数0.15~0.41范围内,雷诺数相似船模方法预报实船阻力与模型试验外推值差别在5%以内;在波形与伴流场的比较中,雷诺数相似船模方法与实尺度计算方法预报结果基本一致.数值计算表明对于缩尺比为30的模型泵与实泵效率差别在11%~17%,而雷诺数相似模型泵效率计算值与实泵计算值差别在1.5%以内,表明通过雷诺数相似模型泵能够较好预报实泵性能.文中比较了模型雷诺数与实尺雷诺数下喷水推进器的性能变化,分析了喷水推进自航试验中可能产生的误差.通过雷诺数相似船模数值自航预报阻力、推力、推进效率与实尺度计算的比较,表明了雷诺数相似船模方法能够较好预报实尺度喷水推进船的推进性能.     

基于时空相似度聚类的热点载客路径挖掘

出租车的载客轨迹直接体现了车辆的行驶状态和居民的出行规律,热点载客路径的挖掘为交通管理与规划,居民行为模式发现及出租车载客推荐等具有重要价值. 本文以兰州市3 000 辆出租车载客轨迹为研究对象,提出了基于时空相似性聚类的热点载客路径挖掘算法. 首先,根据出租车的GPS轨迹数据提取出载客轨迹及其核心轨迹;然后,根据提出的相似性度量算法计算核心轨迹的空间相似性、时间相似性及时空相似性,并结合DBSCAN聚类算法对载客轨迹进行聚类;最后,根据聚类结果获取城市热点载客路径的空间分布,并分析了其在工作日和非工作日的差异. 实验结果表明,本文提出的挖掘算法能有效、快速地发现城市热点载客路径的分布.     

基于时空相似度聚类的热点载客路径挖掘

出租车的载客轨迹直接体现了车辆的行驶状态和居民的出行规律,热点载客路径的挖掘为交通管理与规划,居民行为模式发现及出租车载客推荐等具有重要价值. 本文以兰州市3 000 辆出租车载客轨迹为研究对象,提出了基于时空相似性聚类的热点载客路径挖掘算法. 首先,根据出租车的GPS轨迹数据提取出载客轨迹及其核心轨迹;然后,根据提出的相似性度量算法计算核心轨迹的空间相似性、时间相似性及时空相似性,并结合DBSCAN聚类算法对载客轨迹进行聚类;最后,根据聚类结果获取城市热点载客路径的空间分布,并分析了其在工作日和非工作日的差异. 实验结果表明,本文提出的挖掘算法能有效、快速地发现城市热点载客路径的分布.     

Audio authenticity: Duplicated audio segment detection in waveform audio file

Waveform audio （WAV） file is a widely used file format of uncompressed audio. With the rapid development of digital media technology, one can easily insert duplicated segments with powerful audio editing software, e.g. inserting a segment of audio with negative meaning into the existing audio file. The duplicated segments can change the meaning of the audio file totally. So for a WAV file to be used as evidence in legal proceedings and historical documents, it is very importance to identify if there are any duplicated segments in it. This paper proposes a method to detect duplicated segments in a WAV file. Our method is based on the similarity calculation between two different segments. Duplicated segments are prone to having similar audio waveform, i.e., a high similarity. We use fast convolution Mgorithm to calculate the similarity, which makes our method quit efficient. We calculate the similarity between any two different segments in a digital audio file and use the similarity to judge which segments are duplicated. Experimental results show the feasibility and efficiency of our method on detecting duplicated audio segments.     

Renyi信息熵指导下的聚合层次化聚类

聚合层次化聚类是聚类分析中发现数据集潜在结构的一类重要方法．在这类方法中,影响聚类质量的一个关键问题是如何度量子类之间的距离．作为子类间的相似性度量,不但可以通过非参数估计的方式进行计算,还可有效地利用子类数据集中所有样本提供的信息,对子类中数据分布的描述更加充分．实验结果显示,在两种具有代表性的人造数据集上,基于Renyi熵的类间距离度量比3种传统度量方法有更好的层次化聚类效果．并且,在图像过分割的情况下,通过Renyi熵距离对子分割区域进行合并可以找到合理的分割目标．     

隧道振动台模型试验的相似关系

以嘎隆拉隧道振动台模型试验为例,在模型试验相似理论的基础上对隧道振动台试验相似关系进行了研究;用方程分析法和量纲分析法推导了模型试验相似准则,实现了模型试验几何条件、边界条件、荷载及材料的相似,将其应用于隧道振动台动力模型试验;建立了有限元模型,从加速度时程曲线、频谱特性、加速度放大系数、破坏现象等方面与试验进行了对比。结果表明,试验结果与计算结果比较相符,破坏现象和破坏部位基本相似,说明本次相似关系的拟定是合理的。