GSTM5在前列腺癌中的表达及其对前列腺癌进展的潜在机制

目的 基于生物信息学方法探究正常前列腺和前列腺癌(PCa)组织中的差异表达基因,筛选出可能作为PCa潜在生物标志物的基因,为后期临床医学提供科学依据。方法 从GEO数据库下载GSE55945、GSE46602和GSE69223三个基因芯片数据集,通过联川生物云平台筛选差异表达基因(DEGs),使用STRING构建DEGs的蛋白质-蛋白质互作网络(PPI),导入Cytoscape后利用CytoHubba插件筛选MCC评分前30位的基因作为关键基因(Hub基因),利用DAVID对关键基因进行GO和KEGG富集分析,采用GraphPad Prism软件绘制ROC曲线,利用GEPIA数据库对关键基因进行验证,并进一步进行生存分析,利用UALCAN验证关键基因的表达与PCa Gleason分级是否有相关性。结果 GSE55945、GSE46602和GSE69223三个数据集分别得到428、727和1 285个差异表达基因。韦恩(Venn)图显示三个数据集中包含的DEGs有105个。105个DEGs对应的PPI网络中筛选MCC评分排名前30位的基因作为Hub基因,其所涉及的生物过程主要包括蛋白激酶...     

自身抗体——肿瘤新的早期诊断标志物

肿瘤标志物是指肿瘤细胞本身存在的或分泌的、能反映肿瘤的存在和生长的特异性物质.血清肿瘤标志物已被广泛应用于肿瘤的检测,但是这些标志物的检测是基于肿瘤抗原,在肿瘤的筛选和诊断方面存在很多的不足.本文就目前基于肿瘤患者体内针对肿瘤抗原的自身抗体作为肿瘤诊断的标志物进行综述.这种检测方法是利用肿瘤抗原来检测肿瘤自身抗体,其特异性和敏感性优于传统的检测方法,并为肿瘤的筛选和诊断提供了新的手段.     

重庆汉族人群5个Y-STR基因座的遗传多态性分析

目的调查中国重庆地区汉族群体中DYS19、DYS389Ⅱ、DYS385、DYS390、DYS391 5个Y染色体-短串联重复序列(Y-STR)基因座及单倍型的遗传多态性,探讨其法医学应用价值。方法提取重庆地区130名汉族男性全血基因组DNA,利用PCR扩增,结合非变性聚丙烯酰胺凝胶电泳和银染显色技术检测Y染色体5个特异性STR基因座,并分析单倍型频率分布。结果 DYS19、DYS389Ⅱ、DYS385、DYS390、DYS391基因座在重庆汉族群体中具有较高的多态性,分别检出5、7、38、6、4个等位基因,基因多样性GD值在0.463 0(DYS391)～0.956 8(DYS385),共检出124种单倍型,其中119种为唯一的,单倍型基因多样性为0.997 1。结论 5个Y-STR基因座都具有较高的识别能力,其中DYS385的鉴别能力最高。本研究对建立Y染色体STR数据库、研究群体遗传学和进行法医学鉴定有重要意义。     

子宫内膜癌干细胞分化过程中microRNA表达谱的鉴定及分析

目的筛选子宫内膜癌干细胞分化过程中差异表达的microRNAs(miRNAs)并进行初步鉴定。方法无血清悬浮培养法富集子宫内膜癌干细胞,贴壁培养获得其分化细胞。利用microRNA芯片比较肿瘤干细胞及其分化细胞之间miRNAs的表达差异,挑选出有显著差异的miRNAs,通过RT-qPCR进行验证,应用TargetScan等数据库预测其靶基因;同时,芯片检测肿瘤干细胞及其分化细胞之间基因表达的差异,结合预测的miRNAs靶基因进行综合分析。结果 microRNA芯片筛选得到子宫内膜癌干细胞及其分化细胞之间差异表达(相差倍数2倍以上)的miRNAs有11个,其中在肿瘤干细胞中表达上调的miRNAs 10个,分别为miR-522、miR-139-3p、miR-520c-5p、miR-518d-5p、miR-146b-5p、miR-34a、miR-526a、miR-193a-3p、miR-221、miR-4674;在肿瘤干细胞中低表达的miRNA 1个,为miR-760。RT-qPCR检测结果显示,除miR-526a、miR-4674以外,其余9个miRNAs在肿瘤干细胞及分化细胞间的相对表达量均存在显著差异,与芯片检测结果一致。TargetScan、miRanda及miRTarBase在线数据库的交集中,筛选的miRNAs均可预测到靶基因。基因芯片检测肿瘤干细胞及其分化细胞,表达有显著性差异的基因共445个,其中207个在肿瘤干细胞中高表达,238个在肿瘤干细胞中低表达,与预测的miRNAs靶基因进行综合分析后发现,除miR-139-3p外,两者均有交集。结论子宫内膜癌干细胞分化过程中部分miRNAs的表达具有显著性变化,对此进行深入探索将为肿瘤干细胞的分化机制研究提供新的线索。     

基于GEO和TCGA数据库胰腺癌生存相关基因的生物信息学分析

目的 基于胰腺癌相关的高通量基因表达(GEO)和癌症基因组图谱(TCGA)数据,采用生存相关算法筛选并验证参与胰腺癌患者生存的关键预后基因。方法 采用GEO数据库2个胰腺癌基因芯片(Microarray)和TCGA数据库胰腺癌转录组测序(RNA-seq)数据,利用Kaplan-Meier(KM)分析和Cox比例风险模型进行生存相关基因的过滤并取目的基因交集;对交集基因进行多因素回归分析与临床相关性分析筛选预后相关基因;对预后相关基因进行通路富集分析和CIBERSORT免疫富集分析寻找其调控胰腺癌的潜在分子机制。结果 本研究借助TCGA和GEO数据库中包含的生存信息与临床特征的3个胰腺癌数据集,筛选得到了5个与胰腺癌生存相关的基因(CDO1、DCBLD2、FAM83A、ITGA3和SLC16A3),且多因素Cox回归分析和临床相关性分析表明,CDO1高表达是胰腺癌预后的保护性因素,其抑癌作用与抑制肿瘤细胞恶性生物学行为和促进胰腺癌抗肿瘤活性免疫细胞浸润相关。结论 本研究首次提出了CDO1是与胰腺癌预后显著相关的保护性基因,并发现CDO1的抑癌机制与抗肿瘤免疫微环境形成密切相关,为后续胰腺...     

2型腺伴随病毒基因治疗载体的构建

目的　构建一种适用于中枢神经系统疾病的基因治疗载体。方法　以野生型 2型腺伴随病毒 (AAV 2 )质粒pssv9int 及逆转录病毒载体质粒plxsn为基本元件 ,利用重组DNA技术 ,构建了一种通用型AAV载体质粒pssHG Neo。结果　该质粒除含有必备的原核细胞复制子及Ampr 筛选基因外 ,还含有真核细胞筛选基因———Neor 及供插入目的基因的多克隆位点 (MCS) ,在MCS的上游为逆转录病毒的长末端重复序列 (5’LTR) ,具有启动子的功能 ,启动定向插入到MCS的外源目的基因。质粒中的AAV反向末端重复序列 (ITR)具有定点整合于人基因组 1 9号染色体S1位点的特点。结论　AAV载体是具有广阔前景的基因治疗载体     

陕西地区汉族群体Y染色体STR基因座多态性研究

目的　研究 14 0名陕西地区汉族男性个体Y染色体 6个STR基因座的遗传多态性 ,为法医学实践和群体学研究提供基础数据。方法　应用Y PLEXTM6荧光标记复合扩增系统 ,PCR扩增后用ABI 310 0Avant遗传分析仪进行基因扫描和基因分型。结果　 6个基因座分别检测出 4、6、7、8、4、37种等位基因 ,基因多样性 (GD)从 0 .35 94～0 .95 6 5。在 14 0名个体中共检测出 135种不同的单倍型 ,其中 131个只出现 1次 ,单倍型多样性 (HD)为 0 .992 3,个体识别能力 (DP)为 0 .96 4 3。结论　这 6个Y染色体STR基因座具有较好的多态性 ,联合单倍型具有较高的个体识别能力和非父排除率 ,适用于法医学实践和群体遗传学研究     

基于GEO数据库筛选慢性乙型病毒性肝炎患者对干扰素α治疗无应答相关的关键免疫基因和通路

目的 基于GEO数据库筛选接受干扰素α(IFN-α)治疗的慢性乙型病毒性肝炎（CHB）患者中应答者（Rs）和无应答者（NRs）之间差异表达的免疫基因,以探索IFN-α治疗CHB失败的分子基础。方法 从GEO数据库中下载基因芯片数据集GSE27555,包含6例Rs和7例NRs。使用R软件筛选Rs和NRs肝脏组织的差异表达基因,再从免疫相关基因数据库ImmPort下载包含1 793个基因在内的标志性免疫基因集,提取差异表达基因中的免疫基因,获取差异免疫基因。再对差异免疫基因进行基因本体论(gene ontology, GO)和京都基因与基因组百科全书(kyoto encyclopedia of genes and genomes, KEGG)分析。通过STRING在线分析工具构建差异免疫基因的蛋白-蛋白相互作用（PPI）网络,进一步利用Cytoscape软件中的Cytohubba插件对差异免疫基因按Degree、MCC、MNC、Closeness算法计算评分位于前10的基因,再取交集,得到枢纽基因（Hub基因）。结果 从Rs与NRs间共筛选出差异免疫基因88个,其中上调基因13个,下调基因...     

小鼠10号染色体上致聋突变基因hml的精确定位(英文)

目的　定位小鼠致聋基因 ,识别决定其性状的有关突变 ,为人类耳聋基因研究提供动物模型。方法　利用全基因组扫描来定位名为hml可致小鼠听力丧失突变基因。结果　①hml基因定位在小鼠 10号染色体上 ,距中心粒约4 3cM处。根据已知的鼠 人同源同线性特点 ,提示人的同源基因位于 12 q2 2 -q2 4 ;②获得了 2 5个多态性微卫星标记 ,通过高分辨的小鼠图谱将 3个已知人类基因进行了正确排列 ,并将hml侯选基因限定在一个 5 0 0kb的区域内。     

Development of 19-plex Y STR system and polymorphism studies in Pakistani population

For the development of 19-plex Y STR system and polymorphism studies in locl ethnic populations sixteen markers of non-recombining regions (NRY) of Y chromosome, which show high power of discrimination among individuals, were selected in this study. Blood samples (600) were e.ollected from the males of three most common castes of Pakistani population (Arnin, Awan and Rajput) with different parent lineages. Three markers (DYS385a/b, DYS389Ⅰ/Ⅱ and YCAⅡa/b) among 16 Y STRs are double-targeted regions of the Y chromosome and thus provide two polymorphie peaks for each respective primer set. These 16 Y-STRs were developed into Megaplex system for simultaneous amplification of all markers within the population. The overall power of discrimination observed in focused populations was 60.5%, 66.5% and 55% in Rajput, Awan and Arain casts respectively. This discrimination power will be helpful in haman identification for forensic casework studies including sexual assaults and paternity testing.     

过站保障车辆集中式调度的单亲遗传算法

针对飞机过站保障车辆集中式调度问题,提出递阶式编码结构单亲遗传算法.该算法采用保障作业编号构成控制基因染色体、车辆编号构成参数基因染色体,分别体现过站保障作业时序约束和车辆指派规则约束,使算法对问题具有良好的适用性;设计控制基因染色体片段段内换位变异和参数基因染色体片段段间换位变异相结合的遗传算子,并引入车辆可调度能力空间概念提出解码算法,实现对解空间搜索能力优化;以过站保障造成的航班延误惩罚费用和车辆行驶费用之和最小为优化目标,建立算法适应度函数,可衡量过站保障和车辆使用综合效率.采集某机场过站航班数据验证所给算法有效性并对比分析车辆就近指派和使用率均衡两种调度策略,结果表明,算法收敛性良好,且就近指派策略相对于使用率均衡策略,在过站保障延误方面改进较小,但在车辆行驶时间方面改进达40%.      

用动物模型定位、克隆复杂性疾病的易感基因:以类风湿关节炎动物模型为范例

基于复杂性疾病的临床异质性,或称表型异质性;遗传异质性,或称位点异质性;多基因的微效作用;异位显性(epistasis);拟表型(phenocopy);环境因素的作用等特点,鉴定复杂性疾病的易感基因是一种艰巨有时难以完成的任务。近交系动物遗传背景清晰,动物实验可控制环境因素的干扰,以及转基因动物在研究基因功能中独特的作用,应用动物模型为筛选鉴定人类复杂性疾病的易感基因提供了不可替代的工具。以大鼠类风湿关节炎模型为例,定位克隆易感基因步骤包括:①选择亲代近交系,建立关节炎模型;②分离育种,连锁分析、确定数量性状位点(QTLs);③建立Congenic系、窄化QTL区域;④位置克隆基因;⑤易感基因的功能验证。我们应用这一策略从朴日斯烷(Pristane)诱导的关节炎大鼠模型中已筛选出十余个控制关节炎发生发展的非MHC基因位点,在此基础上克隆的Pia4基因被鉴定为是中性粒细胞胞浆因子1(Ncf1)。说明该研究策略是完全可行的,并且可能发现新的功能基因或已知基因的新功能。     

Identification of differentially expressed genes in two new human bladder carcinoma cell lines

Objective To screen and identify differentially expressed genes in two new human urothelial carcinoma cell lines, BLS-211 and BLX. Methods Suppression subtractive hybridization （SSH） was used to createa subtracted library, and clones were sequenced. Results Totally 13 over-expressed genes in BLX and 9 in BLS-211 cells were obtained, respectively. Among them, 18 were known genes and 4 were new ESTs （Expressed Sequence Tag）, and were collected by GenBank dbEST database （The access number was EB390424-7）. Conclusion SSH is a powerful method for the identification of differentially expressed genes. The differential expression of some BCG-associated genes in different ceils may be related to the different responses to clinical BCG therapy. The identified new ESTs can be cloned for full length to further study their functions.     

基于遗传算法的追踪列车节能优化

为了研究追踪列车的节能优化操纵策略,提出了四显示固定闭塞系统下的列车静态速度约束条件和追踪列车动态速度约束条件.在此基础上,建立了以列车操纵手柄级位和工况转换点为控制变最的追踪列车节能优化模型.采用染色体长度可变多目标遗传算法,结合外部惩罚函数对该模型进行了求解,并利用遗传算法中的染色体变长算子对列车操纵手柄变换策略进行了优化.在四显示固定闭塞平台上的仿真结果表明,该方法可在安全、准点的前提下,使追踪列车的能耗下降4.3％,运行时间误差减小1.7％.     

中华民族STR遗传结构及变化规律的研究(Ⅰ)

选择 9种 STR基因位点和 Amelogenin基因位点 ,以测序为基础 ,研究我国汉族人群 STR遗传结构。采用基因自动测序仪建立了 10个位点基因分析方法 ,通过对汉族群体的基因扫描、基因分型和遗传结构分析 ,获得了 STR基因传递特征的大量基因遗传数据 ,在汉族人群 DP为 1.0 5× 10 -10 ,EPP为 0 .9998,为建立我国不同民族 STR基因数据库、基因资源研究与保持奠定了基础 ,为生物考古、基因诊断、性别鉴定、个人识别、司法审判、侦察破案提供有力的科学依据。     

轨道车辆结构振动损伤识别技术综述

从智能运维的角度阐述了利用结构振动损伤识别技术进行轨道车辆结构健康监测的重要性和必要性;根据不同损伤识别的适用范围,将结构振动损伤识别技术分为基于模型的方法和基于响应信号的方法;结合结构健康监测中损伤识别的不同层次,分析了以结构损伤的存在性、类型、定位和程度表征的不同识别方法;概括了轨道车辆运维过程中损伤识别技术的典型...     

福氏2a志贺菌301株染色质基因文库的构建

目的　构建福氏 2a志贺氏菌 3 0 1株染色质DNA基因文库 ,为下一步全基因组序列测定打下基础。方法　Murry法提取福氏 2a志贺氏菌染色质DNA ,采用鸟枪法策略 ,分别经 8种限制性内切酶消化后克隆至载体质粒中 ,并经双脱氧链末端终止法测序后计算重组质粒重复率。结果　Murry法提取福氏 2a志贺氏菌染色质DNA大小为 3 0Kb以上 ,共构建 86 3 2个重组质粒 ,质粒重复率为 1 %。结论　本研究在国际上首次成功构建了福氏 2a志贺氏菌株染色质DNA基因文库 ,文库全长为福氏 2a志贺氏染色质的 6倍 ,已足够全基因组序列测定所需。     

基于知识的具有关键设备的生产调度问题遗传编码方法与算法

针对具有关键设备的调度问题,提出了基于知识的问题编码方法,包括染色体结构表法、染色体构造算法和操作序列生成算法,并给出了编码实例。     

西安地区乙肝病毒感染的血清流行病学调查——乙肝疫苗接种前的基线研究

我们在西安地区对1384人进行了HBV感染情况的血清流行病学基线研究。结果表明托儿所儿童的抗-HBs阳性率和HBV总感染率(至少在可检测的HBV指标方面)显著低于学龄儿童和成人。8岁以上儿童上述两个率与成人水平很接近。据此我们提出以下原则供在我国进行乙肝疫苗接种决策时参考:(1)在婴幼儿中应尽早普种乙肝疫苗;(2)对3岁以下儿童可考虑推广不做筛选即进行接种的方案。至于3岁以上儿童的按种方案以及学龄儿童是否有必要进行接种的问题,应该进一步加以研究。本研究还为仅用一项或二项HBV感染的血清学指标来做接种前大规模人群筛查的可能性提供了依据。