改良HCV RT-PCR方法及产物的SSCP分析

传统的RT－PCR方法，要对模板RNA进行提取和纯化，以除去RNA酶和其它杂质，而且要对可能存在的RNA酶进行抑制，防止模板RNA被降解[1]。而在PCR扩增时，用一对引物反转录和扩增的特异性并不高，因此大都采用套式PCR，以获得特异性好的PCR产物。这就使得实验成本增高，耗费时间，同时也给SSCP分析带来很大不便。因为在进行PCR产物的SSCP分析时，产物的特异性要高，即电泳条带要窄、要亮，这样SSCP分析结果才可靠”’。我们采用改良的SIOZ吸附法从血清中提取HCVRNA，并用一对引物对HCVRNAC区进行RT－PCR扩增，获得了…     

RD-PCR技术在酵母基因表达谱研究中的应用

目的　应用RD PCR技术分离酵母基因。方法　首先提取酿酒酵母 (Saccharomycescerevisiae)总RNA ,纯化mRNA ;然后 ,反转录成双链cDNA ;再用限制性内切酶Sau3AI酶切 ,在酶切片段上加上接头后 ,用通用引物U进行第一次PCR扩增 ,以这一产物为模板用选择性引物(在通用引物的 3’端延伸两个碱基 )作第二次PCR扩增。 5 %PAGE胶分离基因片段 ,选择单带割胶回收 ,做第三次PCR扩增 ,与载体连接 ,最后进行测序分析。结果　采用这种方法分离得到的基因片段 ,经Blast检索分析 ,确为来自酿酒酵母基因的cDNA片段或表达序列标签 (EST)。结论　RD PCR技术可以有效地分离EST ,可用于酵母基因表达调控的研究。     

人乳腺癌全套抗体可变区基因的扩增与克隆

目的　扩增人乳腺癌抗体全套可变区基因 ,将其克隆到T载体来构建T载体文库。方法　收集乳腺癌患者外周转移淋巴结 30例 ,TRIzol法提取总RNA、纯化mRNA ,行RT PCR扩增 ,制备T载体 ,用于PCR产物的克隆。结果　总RNA纯度高 ,完整性好 ,mRNA获得率为 1%。经RT PCR ,VH、Vλ、Vκ的每一条 5 '端引物均与其相应的 3'端引物成功地扩增出了可变区基因片段 ,轻、重链T载体库分别为 1.7× 10 8和 3.5× 10 8。结论　所采用的引物能够10 0 %扩增目的片段 ,T载体过渡能显著提高克隆效率 ,为噬菌体抗体库的构建和筛选奠定了基础。     

Tex13基因非放射性原位杂交探针的制备

目的研究制备地高辛(DIG)标记的Tex13(testis expressed gene 13)基因非放射性原位杂交探针,用于检测小鼠性腺Tex13基因的表达。方法采用RT-PCR方法扩增Tex13靶序列,将其插入带SP6和T7 RNA聚合酶启动子的pGEM-T Easy质粒,转入大肠杆菌DH10B,经蓝白斑筛选获得重组质粒,用T7和SP6引物对重组质粒进行PCR扩增,以此PCR产物为模板,以DIG RNA Labeling Mix为底物,经SP6 RNA聚合酶和T7 RNA聚合酶体外转录,分别制备DIG标记的反义链和正义链RNA探针。结果应用正常小鼠睾丸组织非放射性原位杂交实验,证实制备的探针具有较高的特异性和敏感性。结论 DIG标记Tex13基因杂交探针的成功制备,为进一步研究Tex13基因在小鼠性腺中的表达定位和发育规律以及它在减数分裂过程中的作用提供了实验基础。     

脑源性神经营养因子融合蛋白真核表达质粒的构建及表达

目的 构建以增强型绿色荧光蛋白(EGFP)为报告基因的脑源性神经营养因子(BDNF)融合蛋白真核表达质粒,并对其表达和定位进行研究.方法 以人血白细胞DNA为模板,利用一对删除终止密码子的引物进行PCR获得BDNF基因片段,并将其与pEGFP-N1质粒载体连接,构建BDNF-EGFP融合蛋白真核表达质粒.以脂质体Lipofectamine2000 转染Hela细胞,提取总RNA,通过RT-PCR方法检测BDNF-EGFP在转录水平的表达,Western blot 及荧光显微镜进一步观察融合蛋白的表达定位.结果 酶切和PCR鉴定证实BDNF基因片段正确克隆入载体质粒中,转染Hela细胞后,RT PCR证实BDNF EGFP融合蛋白在转录水平有表达,荧光显微镜观察显示BDNF EGFP融合蛋白主要分布于细胞质中,Western blot结果显示Hela细胞培养液中有BDNF EGFP融合蛋白存在. 结论成功构建了BDNF EGFP融合蛋白真核细胞表达质粒,BDNF EGFP融合蛋白能够在Hela细胞中表达,主要位于细胞质中并可以分泌到细胞外.     

编码表皮生长因子受体Ⅲ型突变体PEP-3表位的cDNA的克隆

目的克隆出针对表皮生长因子受体Ⅲ型突变体(EGFRvⅢ)PEP-3表位的cDNA片段,为高表达EGFRvⅢ肿瘤的免疫治疗奠定基础。方法根据PEP-3的碱基序列设计出有12对互补碱基的正负引物,正负引物互为模板进行PCR扩增,制备出两端含酶切位点的PEP-3 cDNA片段,再将扩增的PCR产物亚克隆于载体pGEM-T Easy构建重组质粒pGEM-T Easy/PEP-3。结果经限制性内切酶酶切鉴定和DNA测序证实,编码PEP-3的cDNA片段被成功扩增并亚克隆于载体pGEM-T Easy中。结论成功克隆了编码表皮生长因子受体Ⅲ型突变体PEP-3表位的cDNA片段。     

人ECK基因外显子3的实验研究

目的　建立人eck基因外显子 3(exon 3)的克隆与鉴定方法 ,研究其在ZR 75 1细胞系中的突变情况。方法　设计一对eck基因exon 3特异性引物 ,提取人正常皮肤组织和乳腺癌细胞系ZR 75 1基因组DNA ,并以此作为模板 ,采用聚合酶链反应 (PCR)技术扩增eck基因exon 3片段 ,克隆入中介载体pUCm T中构建重组质粒 ,转化JM10 9大肠杆菌 ,扩增后经酶切、PCR初步鉴定后 ,进行序列分析。结果　①从正常皮肤组织上皮细胞、ZR 75 1细胞系基因组DNA中 ,经PCR扩增 ,获得了人eck基因exon 3片段 ;②建立了正常皮肤组织、ZR 75 1细胞系eck基因exon 3片段的克隆 ;③ZR 75 1细胞系中eck基因exon 3片段存在突变。结论　从人组织与细胞系基因组DNA中 ,成功地构建了人类eck基因exon 3的克隆 ,并证实eck基因exon 3在ZR 75 1乳腺癌细胞系中有突变 ,为进一步研究eck基因exon 3在肿瘤形成中的作用奠定了基础     

临床致病性不动杆菌的分子生物学鉴定

目的对临床致病性不动杆菌进行种属鉴定,并比较3种方法(44℃生长试验、特异性引物PCR扩增和16SrRNA测序)对鲍曼不动杆菌鉴定的特异性、准确性及应用价值。方法收集临床致病不动杆菌56株,首先接种在胰蛋白胨大豆肉汤中44℃进行培养,观察是否可以生长;其次,提取56株不动杆菌基因组DNA,用两组不同的特异性引物进行PCR扩增鉴定;最后,用通用引物对56株不动杆菌的16SrRNA进行测序鉴定。结果 56株不动杆菌中有17株可在44℃生长。经特异性引物PCR扩增鉴定,发现8株鲍曼不动杆菌和3株13TU型不动杆菌均可在44℃中较早较快生长。金标准16SrRNA测序确定56株不动杆菌中含有9个种,其中鲍曼不动杆菌和13TU型不动杆菌的鉴定结果与特异性引物PCR扩增法相同。结论应用分子生物学方法鉴定鲍曼不动杆菌具有准确、高效且可重复性高的优点,尤其是特异性PCR扩增法,可作为较难诊断的鲍曼不动杆菌的首选鉴定方法。     

PCR测定沙门氏菌,霍乱弧菌和副溶血弧菌的研究

从沙门氏菌鞭毛素基因序列，副溶血弧菌耐热溶血素基因序列和霍乱弧菌肠毒素基因序列中分别选择并合成一对引物，其ＰＣＲ扩增产物２６４Ｂｐ，２９３ｂｐ和２９２ｂｐ。对这三种菌的标准株，临床株及无关菌株的ＰＣＲ测定及酶切鉴定，均显示良好的特异性。     

用RT—PCR扩增人谷胱甘肽过氧化物酶的cDNA

本文应用反转录-聚合酶链反应成功的扩增了人谷胱甘肽过氧化物酶的互补脱氧核糖核酸(cDNA)。该法首先从人肝癌细胞中提取信使核糖核酸,在反转录酶的作用下生成cDNA,以此CDNA作为PCR的模板,利用人工合成的两个特异引物,进行35次循环的扩增。电泳结果表明,扩增片段的大小约为600 bp,与文献结果一致,为该酶基因的表达及生产奠定了基础。     

散发性帕金森病α—synuclein基因突变的检测

目的 探讨α－ｓｙｎｕｃｌｅｉｎ基因右突变与散发性帕金森病人的关系。方法 分离ＰＤ组和对照组的外围血基因组ＤＮＡ，采用α－ｓｙｎｕｃｌｅｉｎｘ基因特异引物对其第四外显子进行ＰＣＲ扩增，扩增产物用Ｔｓｐ４５Ⅰ酶切鉴定。结果 两组ＰＣＲ均可扩增出２１６ｂｐ的片段，ＰＣＲ产物不能被Ｔｓｐ４５Ⅰ酶切。结论α－ｓｙｎｕｃｌｅｉｎ基因已知点突变与散发性帕金森病可能无明确关系。     

激光显微切割联合功能分类表达谱芯片技术在脑缺血研究中的应用

目的探讨激光捕获显微切割分离大鼠脑微血管和神经元联合功能分类表达谱cDNA芯片技术在脑缺血研究的应用。方法激光捕获显微切割获取脑切片微血管和神经元,微量RNA提取试剂盒提取总RNA,线性扩增mRNA,紫外分光光度计定量所得aRNA(antisense RNA)扩增效率,基因特异性引物进行cDNA探针合成,进行芯片杂交反应。结果微血管和神经元各自捕获的总点数大约为8000~10000,T7线性扩增所得aRNA的量约为500~1000ng,探针合成效率高,杂交反应格局清晰良好。结论激光捕获显微切割,结合T7RNA线性扩增及基因特异性引物线性扩增技术,可成功的应用于功能分类表达谱cDNA芯片的分析研究。     

Graves病自身免疫单链抗体库的构建及抗甲状腺单抗的筛选

目的　Graves病属于甲状腺自身免疫性疾病 (AITD) ,其患者血中存在多种抗甲状腺自身抗体 ,其中包括TGAb、TPOAb以及TRAb。单链抗体 (ScFv)是以连接肽将重链可变区基因 (VH)和轻链可变区基因 (VL)连接起来形成的单链小分子抗体。为了获得人源性抗甲状腺抗体 ,分析其基因结构 ,进一步研究AITD的发病机理 ,我们构建了人源性噬菌体ScFv库。方法　采取Graves病人静脉血 ,用淋巴细胞分层液按常规分离单个核细胞。提取淋巴细胞总RNA逆转录合成cDNA。分别扩增出全套的免疫球蛋白VL 链和VH 链基因 ,利用重叠PCR方法 ,构建ScFv基因。重组到 p3SCMH嗜菌粒中 ,电穿孔转化XL1 Blue大肠杆菌。经适当培养后 ,加入约 10 12 空斑形成单位 (PFU)的辅助噬菌体VCSM13,构建噬菌体抗体库。测定库容 ,鉴定重组率。以固相化的抗原对噬菌体ScFv库进行了 4轮“吸附 洗脱 扩增”的筛选 ,富集特异性噬菌体抗体。用ELISA竞争抑制实验检测富集的噬菌体抗体。结果　以单链cDNA为模板 ,用PCR方法分别扩增VL 链和VH 链的DNA。PCR产物经 15g·L-1琼脂糖电泳检测 ,分别在 380bp和 4 2 0bp左右见到扩增带。将VL 和VH 进行重叠PCR制备ScFv ,琼脂糖电泳显示PCR产物在 80 0bp左右有扩增带。将ScFv基因纯化 ,用SacⅠ+SpeⅠ双酶消化后 ,重组到 p3     

丙型肝炎病毒非结构蛋白3全长基因的克隆和表达

目的克隆和表达丙型肝炎病毒(HCV)非结构基因NS3,为进一步研究其基因功能奠定基础。方法设计特异性引物,以HCV全长cDNA质粒为模板进行PCR扩增,获得全长NS3基因。将其插入克隆载体pMD18-Tvector中,经酶切、PCR及测序鉴定后,与表达载体pET32a重组,后转入BL21菌株并诱导表达。采用SDS-PAGE电泳及Western-blot检测NS3基因的蛋白表达水平。结果含有NS3的重组体构建成功并在大肠杆菌中表达。结论运用原核细胞基因工程技术成功构建和表达了HCV非结构基因NS3蛋白,为尽一步研究HCVNS3基因功能奠定了基础。     

胃癌细胞株SGC—790l及MGC—803中SURVIVIN基因转录与表达的鉴定

目的 探讨胃腺癌细胞株SGC-7901及MGC-803中survivin基因转录与表达情况，为胃癌与survivin基因的相关研究提供帮助。方法 ①利用反转录聚合酶链反应(RT—PCR)及DNA序列测定技术检测两种细胞株中survivin基因mRNA转录情况。②采用免疫组织化学染色鉴定两种细胞株survivin基因有无蛋白表达及其表达程度。结果 从提取的胃癌细胞总RNA中扩增出612bp的DNA片段，与预期的扩增片段大小相符；序列测定显示两细胞株的DNA扩增片段序列与基因库survivin基因mRNA序列完全一致；免疫组织化学染色显示两细胞株中均有survivin蛋白表达产物。结论 中国人胃腺癌细胞株SGC-7901及MGC-803中均存在survivin基因的mRNA转录及蛋白的高表达。     

丙型肝炎病毒C区截短型基因原核表达载体的构建及在大肠杆菌中的表达

目的建立稳定表达丙型肝炎病毒(HCV)核心蛋白的原核表达系统,获得高产量的纯化核心蛋白。方法应用多聚酶链反应(PCR),以HCV-H株全长cDNA序列为模板,扩增获得C区羧基端部分缺失的基因片段,克隆入原核表达载体pBVIL1,构建原核表达载体pBVIL1-Ct,转化HB101宿主菌,通过温度诱导表达截短型C蛋白。结果扩增得到目的基因长度为462bp,构建pBVIL1-Ct表达载体,在HB101宿主菌中通过温度诱导获得稳定表达,表达蛋白占菌体总蛋白含量的24%。Western-Blot及ELISA检测证实表达产物可与HCV患者阳性血清发生特异性结合反应。结论羧基端部分缺失的HCV C区基因片段可在大肠杆菌中稳定表达并具有良好的反应原性。     

芳香硫酸酯酶定点饱和突变方案的比较

目的比较随机引物与精确引物PCR扩增实施绿脓杆菌芳香硫酸酯酶(Pseudomonas aeruginosa arylsulfatase, PAAS)定点饱和突变的整体效率及成本,以建立高效实用的定点饱和突变方案。方法以大肠杆菌碱性磷酸酶(Escherichia coli alkaline phosphatase, ECAP)与PAAS融合表达质粒为模板,分别用针对PAAS目的位点的随机引物、精确引物等量混合物及单个精确引物,进行全质粒PCR扩增构建定点饱和突变体库;碱裂解细胞后高通量测定PAAS突变体与ECAP活性比值进行筛选,比较3种定点饱和突变建库方案需筛选的单克隆数量、所获突变体种类、整体耗时、整体成本及影响因素。结果用随机引物PCR对M72位定点饱和突变有明显密码子偏好性,筛选超600个单克隆仅获得10种预期突变体,但对G138位定点饱和突变未见明显的密码子偏好性且筛选不到150个单克隆获得18种预期突变体;精确引物等量混合物对M72位实施定点饱和突变,筛选不超过190个克隆成功获得19种预期突变体;单个精确引物对M72位逐个PCR实施定点饱和突变,仅各筛选2个单克隆就获得19种预期突变体。单个精确引物逐个PCR实施定点突变所获饱和突变体库完整,需筛选的单克隆数最少,总耗时和总成本最低;相比之下,用随机引物和精确引物等量混合物实施定点饱和突变时,所需筛选的单克隆数、整体耗时及成本均显著增加。结论解析序列-活性关系时,用单个精确引物逐个PCR实施定点饱和突变有显著整体成本和效率优势;仅筛选阳性突变体时,用精确引物等量混合物进行PCR建库在成本和效率上更有优势。     

人GLUT4基因的克隆及原核表达的初步实验研究

目的　通过反转录聚合酶链方法 ,从人新鲜手术肌肉组织获得人葡萄糖转运子 4 (GLUT4 )cDNA基因 ,并分别克隆入测序载体、表达载体 ,获得具有正确序列的目的基因及其原核表达产物 ,为其进一步的抗体制备、活性鉴定及研究应用奠定物质基础。方法　经GenBank在线检索 ,设计、确定人GLUT4cDNA基因特异引物 ,采用反转录聚合酶链 (RT PCR)方法从一例手术的人新鲜腹部肌肉组织总RNA模板中 ,获得人GLUT4表达片段cDNA的基因 ,经克隆入测序载体pGEM 3zf(- )测序 ,验证cDNA大小、完整性及序列。再克隆入表达载体 pBV2 2 0 ,经温度诱导 ,在E .coli获得表达。结果　以设计的特异引物 ,从人肌肉组织模板中能得到预期大小完整的人GLUT4cDNA基因 ,并能插入预定的克隆载体中测序 ,所得基因的序列与目的基因的序列相符。所获GLUT4cDNA基因插入原核非融合表达载体pBV2 2 0 ,获得预期大小的重组表达产物。结论　从人肌肉组织中能获得具有正确序列、含完整起始及终止密码的人GLUT4cDNA基因。该人GLUT4cDNA基因的体外重组体能在原核表达系统表达     

应用富含GC区SNP分型的序列特异性PCR新方法检测子宫内膜癌特定位点C729T多态性

目的建立适合富含GC区SNP分型的序列特异性PCR方法,分析子宫内膜癌特定ERαExon3位点C729T多态性基因分型。方法选择22例子宫内膜癌患者与42例良性病患者为研究对象。建立富含GC区序列特异性PCR(SS-PCR)。将两对引物分别进行PCR扩增,所设计的两条特异性引物即内引物分别与DNA双链的两条单链相同,其3′端正好与SNP位点重合,由引物的3′端控制着引物的延伸反应,根据延伸产物的条带确定SNP类型;并通过在引物的3′端区域倒数第3位引入一个人为不匹配碱基来提高延伸反应的特异性。应用该方法鉴别Exon3 SNP位点C729T基因型,并通过直接测序法验证。结果建立的序列特异性PCR方法适合富含GC区SNP分型,能够准确分析子宫内膜癌的特定ERαExon3位点C729T多态性基因分型。结论富含GC区SNP分型的序列特异性PCR方法,可以用于子宫内膜癌的特定ERαExon3位点C729T多态性基因分型。     

自人脑胶质瘤cDNA文库克隆与鼠SH2—B同源基因片段

自人脑胶质瘤文库克隆新的表达序列标签。方法以人脑胶质瘤文库为模板,利用生长休止特异基因的５’特异引物与载体特异引物组合进行ＰＣＲ扩增,对目的片段进一步克隆,测序。结果扩增出一个３２８ｂｐ的片段,同源性分析发现该片段与鼠ＳＨ２－Ｂ有８６％的同源性。