miR-199a-3p靶基因预测及生物信息学分析

目的为深入研究miR-199a-3p在膀胱癌形成和发展中的作用提供理论依据。方法分析miR-199a-3p序列,预测其靶基因和转录因子,并对靶基因进行GO富集和KEGG Pathway分析;构建TF-miR-199a-3p-靶基因网络调控图。结果 miR-199a-3p序列在多物种间具有高度保守性;GO分析发现miR-199a-3p的靶基因参与细胞调节、代谢调节、细胞大分子生物合成等生物过程(P<0.01);KEGG Pathway分析发现miR-199a-3p的靶基因显著富集在上皮细胞的细菌入侵通路、ECM受体的相互作用通路、PI3K-Akt信号通路、MAPK信号通路、小细胞肺癌通路、癌症中的蛋白聚糖通路等;根据构建的TF-miR-199a-3p-靶基因网络调控图,挖掘出可能受miR-199a-3p调控的重要基因有MYC、SP1、mTOR、NFκB、NFκB1等。结论 miR-199a-3p可能通过直接靶向作用mTOR,调节PI3K-Akt-mTOR信号通路,从而参与膀胱癌的形成和发展。     

糖尿病性心肌病小鼠心肌线粒体circRNA表达谱与功能富集分析

目的 探索糖尿病性心肌病(diabetic cardiomyopathy, DCM)小鼠心肌线粒体circRNA的差异表达情况及其功能分析。方法 以16周龄的db/db小鼠构建DCM小鼠模型,C57BL/KsJ小鼠作为对照。提取两组小鼠心肌组织RNA,高通量测序筛选两组差异表达的线粒体circRNA,使用RT-qPCR对差异表达显著的前10个circRNA验证测序结果,并对差异表达circRNA靶基因作功能富集分析,使用miRNA靶标预测软件对circRNA-miRNA共表达网络分析。结果 与对照组比较,DCM组小鼠心肌中147个差异表达的线粒体circRNA,其中高表达89个、低表达58个。差异表达circRNA在组织中的表达变化与测序结果趋势一致。GO与KEGG富集分析显示,差异表达的circRNA靶基因主要富集在cGMP/PKG、胰高血糖素等通路,与线粒体能量代谢、心肌肥大相关。circRNA-miRNA共表达网络分析发现,表达上调最显著的chrM:1207-1536+与miR-491-3p、miR-99a-3p、miR-99b-3p有关联,表达下调最显著的chrM:1453-3...     

生物信息学方法分析筛选扩张型心肌病发生发展的关键基因和通路

目的 利用生物信息学方法探究扩张型心肌病潜在的生物标记物和相关富集通路。方法 搜索GEO数据库中与扩张型心肌病相关的数据集,提取人心肌细胞的两张芯片GSE42955和GSE1869,然后利用R语言进行差异基因分析、蛋白互作网络分析、鉴定差异表达的核心基因和核心模块并进行基因本体数据库（GO）富集、京都基因与基因组百科全书（KEGG）通路分析。搜索ArrayExpress数据库与扩张型心肌病相关的数据集,提取出人心肌细胞芯片E-TABM-480,验证核心基因和模块在其中的表达情况。结果 共验证出10个差异表达基因,即DZIP3、FBXO32、BTBD6、FBXL5、ASB8、COMMD1、LTN1、FBXO21、RCHY1、ARIH2,核心差异基因为DZIP3,经GO和KEGG,上述差异基因的生物学过程主要集中在泛素和蛋白酶体相关的生物学过程和通路中。结论 生物信息学分析显示,泛素-蛋白酶系统在扩张型心肌病发病中具有重要作用,其机制尚待进一步研究。     

基于网络药理学与分子对接技术探讨益气解毒通络方治疗肝硬化的潜在机制

目的 基于网络药理学方法及分子对接技术探讨益气解毒通络方(YQJDTLF)治疗肝硬化的作用靶点及信号通路,预测其潜在作用机制。方法 基于TCMSP数据库提取YQJDTLF的有效活性成分及作用靶点,通过Drugbank、OMIM、TTD、DisGeNET获取肝硬化治疗靶点,筛选共同靶点;使用Cytoscape软件构建“药物有效活性成分-疾病靶点”可视化调控网络图,利用STRING数据库构建蛋白互作网络图(PPI),然后运用Cytoscape对PPI进行核心蛋白的筛选;最后,通过Metascape对核心靶点进行基因本体(GO)功能富集分析和KEGG通路富集分析,最后完成分子对接。结果 共获得93个有效活性成分,135个共同靶点;主要活性化合物包括槲皮素、黄芩素、豆甾醇等;KEGG通路富集分析得出135条通路,涉及癌症信号通路(pathways in cancer)等通路;通过分子对接发现关键中药成分与关键靶点之间的结合活性良好。结论 YQJDTLF具有多成分、多靶点、多通路的作用特点,可通过调节相关通路与靶点起到治疗肝硬化的作用。     

子宫内膜癌干细胞分化过程中microRNA表达谱的鉴定及分析

目的筛选子宫内膜癌干细胞分化过程中差异表达的microRNAs(miRNAs)并进行初步鉴定。方法无血清悬浮培养法富集子宫内膜癌干细胞,贴壁培养获得其分化细胞。利用microRNA芯片比较肿瘤干细胞及其分化细胞之间miRNAs的表达差异,挑选出有显著差异的miRNAs,通过RT-qPCR进行验证,应用TargetScan等数据库预测其靶基因;同时,芯片检测肿瘤干细胞及其分化细胞之间基因表达的差异,结合预测的miRNAs靶基因进行综合分析。结果 microRNA芯片筛选得到子宫内膜癌干细胞及其分化细胞之间差异表达(相差倍数2倍以上)的miRNAs有11个,其中在肿瘤干细胞中表达上调的miRNAs 10个,分别为miR-522、miR-139-3p、miR-520c-5p、miR-518d-5p、miR-146b-5p、miR-34a、miR-526a、miR-193a-3p、miR-221、miR-4674;在肿瘤干细胞中低表达的miRNA 1个,为miR-760。RT-qPCR检测结果显示,除miR-526a、miR-4674以外,其余9个miRNAs在肿瘤干细胞及分化细胞间的相对表达量均存在显著差异,与芯片检测结果一致。TargetScan、miRanda及miRTarBase在线数据库的交集中,筛选的miRNAs均可预测到靶基因。基因芯片检测肿瘤干细胞及其分化细胞,表达有显著性差异的基因共445个,其中207个在肿瘤干细胞中高表达,238个在肿瘤干细胞中低表达,与预测的miRNAs靶基因进行综合分析后发现,除miR-139-3p外,两者均有交集。结论子宫内膜癌干细胞分化过程中部分miRNAs的表达具有显著性变化,对此进行深入探索将为肿瘤干细胞的分化机制研究提供新的线索。     

基于网络药理学、分子模拟的射干治疗脑胶质瘤的作用机制

目的 通过网络药理学方法、分子对接技术和体外细胞实验验证探讨射干治疗脑胶质瘤的潜在分子生物学机制。方法 (1)通过数据库检索获取射干活性成分、作用靶点及脑胶质瘤疾病靶点。利用STRING数据库进行蛋白质相互作用关系分析,利用R语言进行基因本体论(GO)分析和京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路分析,使用Cytoscape软件构建“化合物-靶点-疾病”网络和PPI网络,利用AutoDock软件进行分子对接验证。(2)通过免疫蛋白印迹实验(Western blotting)、实时荧光定量PCR(qRT-PCR)、细胞凋亡实验对网络药理学靶点蛋白通路富集结果进行验证。结果 (1)筛选得到射干32个活性成分、484个作用靶点和464个脑胶质瘤疾病靶点,映射后获得62个治疗靶点,网络拓扑学分析获得异-德国鸢尾醛、3-甲基鼠李素等12个关键药效分子和AKT1、STAT3、HRAS等核心靶点,富集分析结果显示主要涉及肽基丝氨酸磷酸化、蛋白激酶B信号转导、肽基丝氨酸修改等生物过程和PI3K/AKT信号通路、Rap1信号通路等;分子对接结果验证了关键药效分子与核心靶点具有较好的结合活性。(2)Wes...     

iBAQ非标定量分析生物被膜形成能力不同的鲍曼不动杆菌的蛋白质组学差异

目的利用iBAQ(intensity-based absolute-protein-quantification)非标记定量蛋白质组学分析鉴定生物被膜形成能力不同的鲍曼不动杆菌株蛋白质组学差异。方法 64株临床分离的鲍曼不动杆菌株按生物被膜形成能力不同分为强组和弱组,收集两组菌株蛋白质样本进行FASP(filter-aided sample preparation)酶解,酶解产物进行LC-MS/MS质谱分析。使用Maxquant软件对LC-MS/MS原始文件进行查库以及iBAQ非标定量分析。Maxquant软件查库文件使用Perseus软件分析,通过GO(Gene Ontology)数据库对鉴定出的差异蛋白及特异蛋白从生物学过程、细胞成分和分子功能3方面进行功能注释,通过KAAS(KEGG automatic annotation server)分析差异蛋白涉及的代谢通路。结果实验通过LC-MS/MS分析共鉴定到1 120个肽段,457个蛋白质,其中13个蛋白质的表达在生物被膜形成能力强组和弱组间差异具有统计学意义,其中7个蛋白质在弱组显著性低表达,6个在强组显著性低表达。另外,还鉴定出在生物被膜形成能力弱组(7个)和强组(5个)特异性表达的蛋白质,并对其参与的细胞过程及信号通路进行了分析。结论基于iBAQ的非标记定量蛋白质组学分析方法鉴定出多种与生物被膜形成能力相关的蛋白质,可为分析生物被膜形成的原因、机制及治疗提供参考。     

Affymetrix基因芯片测序技术分析垂体对大鼠椎动脉型颈椎病模型的调控机制

目的分析椎动脉型颈椎病(CSA)模型大鼠垂体组织差异基因表达谱变化,探讨垂体对CSA的调控机制。方法将10只SPF级雄性Wistar大鼠随机分为模型组和正常组,采用复合造模法建立CSA模型,模型成功后取垂体组织,提取总RNA,用全基因芯片检测基因表达谱,筛选差异基因,进行基因本体论(GO)、信号通路分析差异基因在信号通路上的富集程度、分子功能和生物学过程。结果与正常组比较,差异基因表达谱分析显示:差异基因总数为321个(|fold change︱>2,P<0.05),其中表达上调的基因有203个,下调的有118个;富集的GO功能共有1 294条,涉及对细胞间信号转导活性的调节、神经细胞功能的调节、对外界刺激的应激反应及凝血功能的调节、血管形成的调节以及调节内膜系统、细胞周期等;参与调节的信号通路共有145条,包括脂肪细胞因子信号通路、TGF-β信号通路、AMPK信号通路、PPAR信号通路、Wnt信号通路、MAPK信号转导通路等。结论垂体对CSA的调控主要通过对炎性刺激、免疫调节、椎动脉功能及内膜系统等的调节实现。     

GSTM5在前列腺癌中的表达及其对前列腺癌进展的潜在机制

目的 基于生物信息学方法探究正常前列腺和前列腺癌(PCa)组织中的差异表达基因,筛选出可能作为PCa潜在生物标志物的基因,为后期临床医学提供科学依据。方法 从GEO数据库下载GSE55945、GSE46602和GSE69223三个基因芯片数据集,通过联川生物云平台筛选差异表达基因(DEGs),使用STRING构建DEGs的蛋白质-蛋白质互作网络(PPI),导入Cytoscape后利用CytoHubba插件筛选MCC评分前30位的基因作为关键基因(Hub基因),利用DAVID对关键基因进行GO和KEGG富集分析,采用GraphPad Prism软件绘制ROC曲线,利用GEPIA数据库对关键基因进行验证,并进一步进行生存分析,利用UALCAN验证关键基因的表达与PCa Gleason分级是否有相关性。结果 GSE55945、GSE46602和GSE69223三个数据集分别得到428、727和1 285个差异表达基因。韦恩(Venn)图显示三个数据集中包含的DEGs有105个。105个DEGs对应的PPI网络中筛选MCC评分排名前30位的基因作为Hub基因,其所涉及的生物过程主要包括蛋白激酶...     

胰腺癌转移相关基因的生物信息学分析

目的通过对胰腺癌转移相关基因芯片数据进行生物信息学分析,为探索胰腺癌转移的分子机制提供理论依据。方法从基因芯片公共数据库(GEO)下载胰腺癌转移相关基因芯片数据,经R语言数据预处理及筛选差异表达基因后,分别通过DAVID在线分析软件、STRING在线数据库、Cytoscape软件和GEPIA在线分析工具进行差异表达基因的功能注释、通路分析、蛋白互作网络分析及预后分析。结果共筛选出109个胰腺癌转移差异表达基因,其中上调49个,下调60个;功能注释和通路分析发现,这些基因主要集中在急性炎症反应、蛋白质活化级联、细胞外基质构建、细胞外基质分解等生物学过程,以及补体和凝血级联、PPAR信号通路、PI3K-Akt信号通路、ECM受体相互作用等通路。蛋白互作网络分析获得2个关键模块和10个关键基因,分别为ORM1、IGFBP1、HPX、F2、APOA1、ALB、PLG、SERPINC1、KNG1和INS。预后分析得到4个基因的表达水平与胰腺癌患者总生存时间显著相关,分别是SCG5、CRYBA2、CPE和CHGB。结论通过生物信息学的方法对胰腺癌转移相关基因芯片数据进行数据挖掘,为深入研究胰腺癌转移的相关分子机制提供了理论依据。     

中国经济增长的波动分析

对国民经济增长的波动进行计算分析。应用Mexican Hat小波对国内生产总值（GDP）的增长率进行多时间尺度分析，再利用宏观经济学的理论从政府宏观调控政策、投资、消费等方面分析引起波动的原因。在不同时间尺度下，经济波动受到政策、投资和消费及重大政治事件的影响。通过对经济增长波动的因素及规律的分析，可以提高对经济发展的预见性，促进经济更好的增长。     

弓网离线模拟试验平台的设计

受流问题是制约电气化铁路提速的瓶颈之一,而弓网离线电弧是高速列车受流的关键问题.为了全面的把握弓网离线状态,设计了弓网离线模拟试验平台.实现正弦周期内不同时刻离线及回合过程的电弧放电现象,并采用示波器和数据采集卡实现对离合瞬间电压、电流和光强等波形的同步记录,为弓网离线检测法和列车受流质量的研究及抑制电弧危害打下基础.     

纳米Ni粉对Cu粉末烧结性能的影响

研究了纳米Ni粉对Cu粉末烧结性能的影响。研究表明：由于添加1％纳米Ni粉中的NiO未被完全还原,而且纳米Ni粉本身还有被CuO氧化成NiO的可能,因而纳米Ni粉在Cu粉末烧结过程中未能起到活化烧结的作用。相反,添加1％纳米Ni粉后还降低了Cu粉末烧结性能。     

桥梁板式橡胶支座抗压弹性模量分析

简要介绍桥梁板式橡胶支座抗压弹性模量的计算及试验方法,同时从几个方面分析影响该指标的因素.     

级配对级配碎石力学性能影响试验分析

通过试验对不同级配的级配碎石强度影响因素进行分析,得出实际结论,为工程中级配选择提供借鉴.     

聚丙烯纤维混凝土配合比均匀性研究

聚丙烯纤维混凝土以其独有的特点,越来越得到广泛的应用.介绍了利用均匀设计法对聚丙烯纤维混凝土的配合比进行优化分析的过程,选取水泥、速凝剂掺量、聚丙烯纤维掺量三个影响因素,对混凝土配比试件的试验数据统计结果进行回归分析,结果表明,在设定试验条件下,在每立方米混凝土中掺入0.9kg聚丙烯纤维的方案是比较合理的.     

钢筋混凝土简支梁桥梁体病害分析及维修方法

随着经济的发展、综合国力增强,交通事业日新越益发展,桥梁建设取得了长足的进步,为我国的各项事业的发展提供了坚强的基础,但随之而来的桥梁病害问题也日益严重,针对上述情况,本文将对钢筋混凝土简支梁桥梁体的常见病害进行归纳和总结,并提出一定的维修措施,以便能够减轻同类病害的发生,为今后的公路事业发展提供参考依据.     

汽车机械式变速系自动控制

本文从汽车机械式变速系自动控制角度出发,对传统机械式变速系的换档规律、换档 过程以及自动控制模式等进行分析。本文还介绍了变速系自动控制的试验台架组成、 计算机开发与控制系统、硬件配置、步进电机与节气门控制以及执行机构的基本情 况,并对试验取得的有关结果做了介绍。      

厦门海沧大桥西主塔承台施工工艺

本文介绍海沧大桥悬索桥西主塔承台采用有底套箱施工的全过程     

影响钢筋混凝土耐久性的因素及防治措施

耐久性是钢筋混凝土结构设计的重要指标之一,本文分析了钢筋混凝土耐久性的发生机理与影响因素,探讨了提高钢筋混凝土耐久性的具体措施。