基于CRISPR对大肠埃希菌O157∶H7的检测

目的基于成簇的规律间隔短回文重复序列(CRISPR),建立对大肠埃希菌O157∶H7的新型检测方法。方法应用PCR扩增实验室保存的443株肠道细菌(310株非O157∶H7大肠埃希菌、35株大肠埃希菌O157∶H7、89株志贺菌和9株沙门菌)的CRISPR1和CRISPR2,并将PCR产物测序;提取CRISPR database数据库中(标准法)100株肠道细菌(47株非O157∶H7大肠埃希菌、5株大肠埃希菌O157∶H7、9株志贺菌和39株沙门菌)的CRISPR1和CRISPR2序列。使用CRISPR Finder在线软件分析PCR产物测序序列和CRISPR database数据库的CRISPR序列。Clustal X软件进行间隔序列比对。比较标准法和PCR扩增CRISPR两种方法检测大肠埃希菌O157∶H7的一致性。结果共分析543株肠道细菌,其中75.6%的非O157∶H7大肠埃希菌、75.5%志贺菌、91.7%沙门菌和95%O157∶H7大肠埃希菌含有CRISPR1,其间隔序列数目为3~26、2~9、2~32、3。57.1%的非O157∶H7大肠埃希菌、77.6%志贺菌、85.4%沙门菌和100%O157∶H7大肠埃希菌含有CRISPR2,其间隔序列数目为1~20、1~6、2~27、1或4个。95%的O157∶H7大肠埃希菌的CRISPR1和90%CRISPR2分别含有3条独特间隔序列(S1-1,S1-2,S1-3)和1条独特间隔序列(S2-1)。间隔序列比对结果显示,S1-1+S1-2+S1-3和S2-1检测O157∶H7大肠埃希菌的特异性分别是100%和99.6%。标准法检测和PCR扩增CRISPR1和CRISPR2检测大肠埃希菌O157∶H7的一致性分别达99.6%和99.3%。基于CRISPR检测大肠埃希菌O157∶H7在模拟样品中的应用,结果显示在原样品大肠埃希菌O157∶H7浓度约2.3CFU/mL时,经12h增菌后即能检测出来。大肠埃希菌O157∶H7聚类分析显示,40株O157∶H7大肠埃希菌可分为3类。结论基于CRISPR的大肠埃希菌O157∶H7的检测方法,可以作为监测大肠埃希菌O157∶H7感染和高毒株大肠埃希菌O157∶H7有价值的流行病学工具。     

肺炎克雷伯菌产超广谱β-内酰胺酶的基因分型

目的研究西安交通大学医学院第一附属医院临床分离的肺炎克雷伯菌超广谱β-内酰胺酶(ESBLs)的基因型分布特点。方法收集从临床住院患者中分离的肺炎克雷伯菌83株,ESBLs表型确认试验采用双纸片协同法,ESBLs耐药基因CTX-M、TEM和SHV的检测采用PCR法。结果 83株肺炎克雷伯菌中表型确证实验有76株ESBLs阳性,占91.6%;PCR法检测到携带有耐药基因的菌株41株,CTX-M、SHV和TEM 3种耐药基因的构成比分别为78.1%(32/41)、43.9%(18/41)和34.2%(14/41);在41株产酶菌株中,携带1种基因型的占39.0%(16/41),携带2种基因型的占34.2%(14/41),携带3种基因型的占14.6%(6/41),携带4种基因型的占9.8%(4/41),携带5种基因型的占2.4%(1/41)。结论该院肺炎克雷伯菌ESBLs的基因型主要以CTX-M型和SHV型为主,其基因型分布复杂。     

人宫颈癌FHIT基因的表达改变与HPV16感染的关系

目的探讨FHIT基因表达改变和HPV16感染与人宫颈癌发生的关系。方法采用反转录-巢式聚合酶链反应方法测定5种人宫颈癌细胞株(SiHa、HeLa、RJC-1、CS1213、C4-1)和58例宫颈癌组织与18例正常宫颈对照中FHIT mRNA的表达;回收7例FHIT基因不同的转录扩增产物,纯化后进行DNA测序;PCR技术检测组织中HPV16型的感染状况。结果SiHa、HeLa和C4-1宫颈癌细胞中有FHIT基因转录异常;宫颈癌组织中39例(67.2%)存在FHIT基因异常表达,显著高于正常对照组0例(0%)(P<0.05);37例(63.8%)有HPV16感染,显著高于正常对照组1例(5.0%)(P<0.05)。宫颈癌组织中有HPV16感染患者的FHIT基因表达异常数(30/37)显著高于HPV16未感染的患者(9/21),二者之间存在相关性(P<0.01);FHIT基因的异常表达和HPV16的感染与患者的年龄、临床分期、肿瘤直径、病理分级及是否伴淋巴结转移无相关性(P>0.05)。序列分析发现FHIT基因转录本主要存在不同程度的外显子的缺失,以第5位和第6位外显子的缺失为主,未见未知序列的插入和点突变。结论FHIT基因在人宫颈癌组织中的异常表达率明显增高,且与HPV16的感染有关,这些改变可能在人宫颈鳞癌的发生中起着重要作用。     

宁夏回族人群雌激素受体基因多态性及与血脂的关联性

目的研究雌激素受体(ERα)基因单核苷酸多态性(SNPs,rs2234693、rs9340799)在宁夏回族人群中的分布及其与血脂的关联性。方法以整群抽样的方法选取宁夏银川市社区的回族人群533例,利用基质辅助激光解吸附电离飞行时间质谱分析技术(MassARRAY system)对样本进行基因分型,观察533例回族人群的基因型,同时检测血脂并探讨两者的关系。结果 1rs2234693中各基因型在宁夏回族人群中与其在中国汉族、云南傣族和美国、欧洲、日本的人群中的分布频率无统计学差异(P>0.05);rs9340799中各基因型在宁夏回族人群中出现的频率与在欧洲人群中的频率存在着统计学差异(P<0.05),与中国汉族、云南傣族及日本人群均无统计学差异(P>0.05)。2血脂正常组和血脂异常组一般情况比较显示两组间体质量指数存在明显差异(P<0.01)。3rs9340799中GG基因型的个体发生血脂异常的风险增加(OR=2.97,P<0.05)。在校正体质量指数后发生血脂异常的风险并没有明显变化(OR=2.76,P<0.05)。4rs2234693-rs9340799构成的单体型中C-G在脂代谢异常组的频率略大于脂代谢正常组,但无统计学差异(P>0.05)。结论 ERα基因多态性的分布存在着种族的差异;宁夏回族人群中rs2234693的SNPs与血脂异常的发生可能无相关性,而rs9340799中携带有GG基因型的个体发生血脂异常的风险明显增加。     

XRCC1基因rs25487位点多态性与陕西回族男性人群非梗阻性无精症的相关性

目的探讨X线修复交叉互补(XRCC1)基因rs25487位点多态性在陕西回族非梗阻性无精症人群中的分布及其与非梗阻性无精症发病风险的关联。方法采用聚合酶链反应-限制性片段长度多态性(PCR-RFLP)。方法检测79例陕西回族非梗阻性无精症患者和82例陕西回族正常对照男性人群XRCC1基因rs25487位点的基因分型和等位基因频率,分析其与非梗阻性无精症发病的相关性。结果与GG基因型的个体相比,携带GA基因型的个体患非梗阻性无精症的风险是携带GG基因型个体的2.286倍;携带AA基因型的个体患非梗阻性无精症的风险是GG基因型个体的2.202倍;携带GA+AA基因型的个体患非梗阻性无精症的风险是GG基因型的2.271倍。与G等位基因相比,携带A等位基因的个体患非梗阻性无精症的风险是G基因的1.158倍。结论 XRCC1基因rs25487位点G→A与陕西回族人群非梗阻性无精症发病风险存在关联。     

耐甲氧西林金黄色葡萄球菌的基因多态性分型研究

目的 探索一种准确、快速、可靠的耐甲氧西林金黄色葡萄球菌(MRSA)的分子生物学分型方法,了解医院内MRSA的多态性,为临床合理、有效地使用抗生素和控制耐药基因在种群间的传播提供帮助.方法 用MecA基因相关高变区PCR扩增(HVR-PCR)和随机扩增多态性DNA(RAPD)两种方法,对MRSA菌株进行多态性分析.HVR-PCR检测MecA基因相关高变区正相重复序列元件(DRUs)的长度,根据DRUs数目的 不同对MRSA分型;RAPD根据电泳图谱中条带的数目及位置,经NTSYS统计软件进行聚类分析,得到遗传树状图,按MRSA菌株之间的相关性进行分型.结果 应用HVR-PCR方法可将31株MRSA标本分为7型,分别含有7、8、9、10、11、12和16个DRUs,其中10DRUs型最多[11/31(35.48%)],16DRUs型最少[1/31(3.23%)];应用RAPD分型,31株MRSA共分10型,其中以Ⅳ型为主[10/31(32.26%)],其他型分布比较接近.在11株HVR-PCR分型的10DRUs型中RAPD Ⅳ型4株[4/11(36.36%)],RAPD Ⅲ型和RAPD Ⅳ型各2株[2/11(18.18%)];10株RAPD Ⅳ型中9DRUs型、10DRUs型各4株[4/10(40.00%)].结论 RAPD方法和HVR-PCR方法对MRSA的分型率都比较高,而且这两种方法都比较简单、稳定、可靠、快速,实用性强,具有广阔的应用前景.     

多药耐药基因及缺氧诱导因子-1α在食管癌组织中的表达及其临床意义

目的 分析食管癌多药耐药基因(MDR1)及缺氧诱导因子1α(HIF-1α)的表达的相关性及探讨其与临床病理间的关系.方法 应用实时定量PCR(QRT-PCR)及Western blot对34例食管癌及癌旁组织标本的MDR1及HIF-1α表达水平进行检测.结果 34例食管癌组织的MDR1表达显著低于癌旁组织(P<0.05),但高于正常组织(P<0.05).而HIF-1α在癌组织的表达水平则显著高于癌旁组织(P<0.05).两基因表达水平存在正相关关系(P<0.01).HIF-1α、MDR1表达均与食管癌的分化程度呈正相关.结论 MDR1、HIF-1α的表达在食管癌及癌旁组织中均明显上调.HIF-1α可能通过诱导MDR1表达导致食管癌化疗耐药.     

西安市与上海市百日咳鲍特菌对大环内酯类抗生素的耐药性、耐药相关分子特征及多位点抗原序列分型的比较研究

目的 比较西安市与上海市临床分离百日咳鲍特菌对大环内酯类抗生素的耐药性、耐药相关分子特征及多位点抗原序列分型(MAST)特征,为改进我国百日咳的防治和疫苗策略提供参考。方法 采用E-test法检测2018年至2019年西安市和上海市临床分离百日咳鲍特菌对红霉素、阿奇霉素、克拉霉素的耐药性;采用PCR法检测可水平转移的耐药基因与耐药相关突变位点;采用MAST方法对菌株进行分型,比较两市菌株耐药性的差异及抗原序列型别构成比的差异。结果 本研究共分离出百日咳菌株60株,其中西安市34株,上海市26株。西安市与上海市临床分离百日咳鲍特菌对大环内酯类抗生素的耐药性存在统计学差异(χ²=13.650,P<0.001)。两市菌株MAST分型型别构成比也存在统计学差异(χ²=18.642,P<0.001),西安市菌株以prn1/ptxP1/ptxA1/fim3-1/fim2-1型别为主,而上海市prn1/ptxP1/ptxA1/fim3-1/fim2-1与prn2/ptxP3/ptxA1/fim3-1/fim2-1型别几乎各占一半。两市所有耐药株...     

MDR1、BCRP和LRP基因在乳腺癌组织中的表达及其意义

目的探讨多药耐药基因(MDR1)、乳腺癌耐药蛋白(BCRP)及肺耐药蛋白(LRP)mRNA在乳腺癌组织中的表达及其相互关系,分析它们与乳腺癌临床病理特征的关系。方法采用RT-PCR方法检测2007年1月至2007年12月在宁夏医科大学附属医院手术切除的42例乳腺癌组织、42例癌旁组织及50例乳腺良性病变中MDR1、BCRP和LRP mRNA的表达。结果乳腺癌组织中MDR1、BCRP、LRP mRNA的阳性表达率分别为40.47%、38.09%及61.90%,与癌旁组织及乳腺良性病变组织相比阳性表达率均有统计学差异(P<0.05)。MDR1mRNA表达与绝经状况呈完全正相关(r=0.398,P<0.01),与腋窝淋巴结状况呈完全正相关(r=0.398,P<0.01);BCRP mRNA表达与腋窝淋巴结状况呈正相关(r=0.355,P<0.05);LRP mRNA表达与绝经状况、年龄、腋窝淋巴结状况及肿瘤大小之间均无相关性(P>0.05);MDR1mRNA和BCRP mRNA表达呈正相关(r=0.652,P<0.01),LRP mRNA与MDR1mRNA表达无相关性(r=0.147,P>0.05);LRP mRNA和BCRP mRNA表达无相关性(r=0.111,P>0.05)。2个耐药基因共表达率为47.61%,2种或3种耐药基因共表达率为61.89%。结论乳腺癌组织中存在耐药基因MDR1、BCRP和LRP的表达,单基因和多基因协同作用,以多基因共表达为主;检测MDR1和BCRP基因表达水平可辅助临床判断乳腺癌患者的预后。     

胰腺癌转移相关基因的生物信息学分析

目的通过对胰腺癌转移相关基因芯片数据进行生物信息学分析,为探索胰腺癌转移的分子机制提供理论依据。方法从基因芯片公共数据库(GEO)下载胰腺癌转移相关基因芯片数据,经R语言数据预处理及筛选差异表达基因后,分别通过DAVID在线分析软件、STRING在线数据库、Cytoscape软件和GEPIA在线分析工具进行差异表达基因的功能注释、通路分析、蛋白互作网络分析及预后分析。结果共筛选出109个胰腺癌转移差异表达基因,其中上调49个,下调60个;功能注释和通路分析发现,这些基因主要集中在急性炎症反应、蛋白质活化级联、细胞外基质构建、细胞外基质分解等生物学过程,以及补体和凝血级联、PPAR信号通路、PI3K-Akt信号通路、ECM受体相互作用等通路。蛋白互作网络分析获得2个关键模块和10个关键基因,分别为ORM1、IGFBP1、HPX、F2、APOA1、ALB、PLG、SERPINC1、KNG1和INS。预后分析得到4个基因的表达水平与胰腺癌患者总生存时间显著相关,分别是SCG5、CRYBA2、CPE和CHGB。结论通过生物信息学的方法对胰腺癌转移相关基因芯片数据进行数据挖掘,为深入研究胰腺癌转移的相关分子机制提供了理论依据。     

染氟成釉细胞差异表达基因的初步筛选

目的利用基因芯片技术筛选染氟成釉细胞的差异表达基因,以观察氟对离体成釉细胞基因表达的影响,探讨氟牙症发病过程中的基因变化,为进一步从分子水平研究氟牙症的发病机制提供线索。方法利用基因芯片分别检测离体培养的成釉细胞和经5mg/L的氟化钠处理48h后的成釉细胞的基因表达谱,并利用生物信息学方法对检测结果进行分析。结果实验组相对于对照组上调2倍以上的基因数为379个,下调2倍以上的基因数为1 014个,差异基因涉及细胞的生物过程调节、细胞的分化、代谢、细胞器、细胞内组分、金属离子的结合、DNA的结合、受体活性、磷酸酶活性、信号转导活性、蛋白质结合作用、转移酶活性、组织的矿化等方面。结论氟化物影响了成釉细胞内基因的表达,氟牙症的发生可能不仅仅是个理化过程,可能与多个生物调节机制有关。     

生物信息学方法大规模筛选肿瘤差异表达基因

目的 利用数据库中已有的基因信息快速筛选鉴定出潜在的肿瘤相关基因.方法 利用EST数据库中的基因信息,采用数字化差异显示(DDD)方法,对17种不同肿瘤组织的全基因组进行筛选.结果 获得了130个上调基因和159个下调基因,大多为编码细胞骨架蛋白、核糖体亚单位的基因以及与物质代谢、细胞周期、信号传导、调节转录和翻译过程有密切关系的基因.这些基因在12号染色体上出现频率最高,而在21号和Y染色体上很少出现.结论 生物信息学筛选是一种快速有效的筛选方法.本实验所得结果对今后肿瘤标志物的鉴定奠定了基础,也为肿瘤标志物的筛选策略提供了新的思路.     

宫颈癌细胞系中EMT相关基因的表达及其意义

目的上皮-间质转化(EMT)是上皮来源的恶性肿瘤侵袭转移的重要机制之一,其特征为上皮细胞标志物表达下调(E-cadherin等)而间质细胞标志物(vimentin等)表达上调。本研究旨在探讨人宫颈癌细胞系EMT相关标志物的表达情况,以确定宫颈癌细胞是否发生EMT,并为确定相关的细胞研究模型奠定基础。方法采用逆转录PCR方法检测4株人宫颈癌细胞系(SiHa、HeLa、RJC-1、CS1213)中E-cadherin、vimentin、Snail和Slug mRNA的表达;Western blotting检测E-cadherin和vimentin的蛋白表达;免疫细胞化学方法检测Snail和Slug的蛋白表达。结果vimentin和Snail mRNA在4种细胞中均有表达,E-cadherin和Slug mRNA在SiHa、HeLa和RJC-1细胞表达。E-cadherin蛋白在SiHa和RJC-1细胞表达,vimentin蛋白在HeLa和CS1213细胞表达。Snail蛋白在4个细胞株都有表达,Slug蛋白在SiHa、HeLa和RJC-1细胞表达。结论 HeLa和CS1213表现出间质细胞表型,SiHa和RJC-1则表现为上皮细胞表型。     

EMT分子标志物在肝癌细胞系中的表达及其意义

目的探讨人肝癌细胞系EMT相关分子标志物的表达情况,为确定相关的肝癌细胞研究模型奠定基础。方法利用实时定量PCR方法检测5株人肝癌细胞系(SNU368、SNU739、HLF、Huh-1和MHCC97L)中E-cadherin、ZO-1、N-cadherin、Vimentin、Snail和Slug的mRNA表达,Western blot和免疫荧光检测E-cadherin、ZO-1、N-cadherin、Vimentin、Snail和Slug的蛋白表达。结果 E-cadherin、ZO-1、N-cadherin、Vimentin、Snail和Slug的mRNA在5种肝癌细胞中均有不同程度表达, E-cadherin、ZO-1、N-cadherin和Slug蛋白在5个细胞株中亦有表达,Vimentin蛋白主要在SNU368、SNU739、HLF和MHCC97L细胞中表达明显,Snail蛋白在SNU368,SNU739,Huh-1和MHCC97L细胞中表达较高。结论 HLF细胞系表现出更明显的间质细胞表型特点,Huh-1和SNU368则表现为较典型的上皮细胞表型特点。     

Genotypic diagnosis of long QT syndrome by analysis of candidate genes

Objective To diagnose 6 LQTS families by genetic analysis. Methods A total aof 6 LQTS pedigrees with 43 family members were brought together for genetic diagnosis by using short-sequence tandem-repeat (SIR) markers or sequencing. Genomic DNA was extracted from blood samples by standard procedure. STR markers or KCNQ1, KCNH2 and SCN5A were amplified. The haplotype analysis for LQTS was performed. If the family got the negative haplotype analysis, the sequencing was performed. Results LQTS patients were always linkaged with the SCNSA gene in family 1. KCNH2 was linkaged with the disease in family 2 to 5.21 gene carriers were identified from these 5 families. A mutation (A561V-KCNH2) was only found in the proband of family 6 and an SNP (G1691A) was found in all the members of the family. Conclusion Genetic diagnosis can not only improve presymptomatic diagnosis,bnt also provide the basis for personal therapy and research on disease-causing mutations.     

鼻咽癌组织中BMAL1和CerbB-2基因的表达及机制

目的 探讨鼻咽癌组织中BMAL1以及CerbB-2基因的表达及相关机制.方法 用质粒转染、MTT、RT-PCR和蛋白免疫印迹方法分别检测鼻咽癌细胞的增殖、BMAL1和CerbB-2基因及蛋白的表达,以及NF-κB信号通路中p50和p65的表达.结果 MTT实验结果表明,BMAL1和CerbB-2影响鼻咽癌细胞的增殖;R...     

大鼠Barrett食管癌变相关基因的初步筛选

目的初步筛选大鼠Barrett食管(Barrettsesophagus,BE)癌变相关基因。方法建立胃十二指肠食管反流SD大鼠动物模型,用含有4096条双点大鼠cDNA芯片分别比较BE、食管腺癌(esophagealadenocarcinoma,EA)与正常食管上皮(normalcontrol,NC)mRNA差异表达情况。结果芯片杂交差异表达在3倍以上的基因:EA和NC杂交芯片377项,其中上调表达90条,下调表达142条;BE和NC杂交芯片448项,其中上调表达312条,下调表达136条。相对于BE,EA表达上调的基因112条,下调156条。与肿瘤发生相关的已知基因24条,上调18条,下调6条。结论与BE比较,EA基因表达谱发生了明显改变,与肿瘤发生相关的基因改变明显,差异表达的基因可能与肿瘤的发生相关。     

将红色基因注入公交服务 匠心熔铸公交服务品牌

近年来,嘉兴公交结合红船精神起航地的独有优势,将红色基因注入公交服务,以“党建+”模式,打造品质公交、幸福公交和智慧公交,匠心熔铸公交服务品牌,成为我国公交行业红色教育示范基地。1“党建+特色服务”,打造品质公交嘉兴公交把党建工作融入特色服务,作为打造品质公交的重要突破口,使实践活动真正由“党内”拓展到“党外”,从党员延伸到群众。     

人乳腺癌全套抗体可变区基因的扩增与克隆

目的　扩增人乳腺癌抗体全套可变区基因 ,将其克隆到T载体来构建T载体文库。方法　收集乳腺癌患者外周转移淋巴结 30例 ,TRIzol法提取总RNA、纯化mRNA ,行RT PCR扩增 ,制备T载体 ,用于PCR产物的克隆。结果　总RNA纯度高 ,完整性好 ,mRNA获得率为 1%。经RT PCR ,VH、Vλ、Vκ的每一条 5 '端引物均与其相应的 3'端引物成功地扩增出了可变区基因片段 ,轻、重链T载体库分别为 1.7× 10 8和 3.5× 10 8。结论　所采用的引物能够10 0 %扩增目的片段 ,T载体过渡能显著提高克隆效率 ,为噬菌体抗体库的构建和筛选奠定了基础。