儿茶酚-O-甲基转移酶基因功能区单核苷酸多态性及甲基化水平与卵巢早衰的相关性

目的探讨儿茶酚-O-甲基转移酶基因(COMT)4个功能区单核苷酸多态性(SNP)、甲基化水平及COMT基因mRNA表达与卵巢早衰(POF)的相关性。方法严格按照诊断标准选取304例POF患者为POF组,另317例健康者为对照组。采取静脉血,提取基因组DNA及RNA,采用SNaPshot技术检测4个SNPs的基因型,MethylTarget目标区域甲基化测序方法检测甲基化水平,RT-PCR检测COMT mRNA表达水平。结果 POF组rs4680位点AA基因型(OR=1.605, 95%CI=1.111～2.319,P=0.011)及A等位基因(OR=1.277,95%CI=1.022～1.596,P=0.032)频率显著高于对照组。POF组CpG_8(t=-2.234,P=0.027)和CpG_10(t=-2.033,P=0.043)甲基化水平显著高于对照组。POF组COMT基因mRNA表达低于对照组(t=2.071,P=0.041)。结论 COMT基因rs4680位点A等位基因及CpG_8和CpG_10甲基化水平的升高可能下调了COMT基因的表达,从而影响POF的发生发展。     

宁夏回族人群雌激素受体基因多态性及与血脂的关联性

目的研究雌激素受体(ERα)基因单核苷酸多态性(SNPs,rs2234693、rs9340799)在宁夏回族人群中的分布及其与血脂的关联性。方法以整群抽样的方法选取宁夏银川市社区的回族人群533例,利用基质辅助激光解吸附电离飞行时间质谱分析技术(MassARRAY system)对样本进行基因分型,观察533例回族人群的基因型,同时检测血脂并探讨两者的关系。结果 1rs2234693中各基因型在宁夏回族人群中与其在中国汉族、云南傣族和美国、欧洲、日本的人群中的分布频率无统计学差异(P>0.05);rs9340799中各基因型在宁夏回族人群中出现的频率与在欧洲人群中的频率存在着统计学差异(P<0.05),与中国汉族、云南傣族及日本人群均无统计学差异(P>0.05)。2血脂正常组和血脂异常组一般情况比较显示两组间体质量指数存在明显差异(P<0.01)。3rs9340799中GG基因型的个体发生血脂异常的风险增加(OR=2.97,P<0.05)。在校正体质量指数后发生血脂异常的风险并没有明显变化(OR=2.76,P<0.05)。4rs2234693-rs9340799构成的单体型中C-G在脂代谢异常组的频率略大于脂代谢正常组,但无统计学差异(P>0.05)。结论 ERα基因多态性的分布存在着种族的差异;宁夏回族人群中rs2234693的SNPs与血脂异常的发生可能无相关性,而rs9340799中携带有GG基因型的个体发生血脂异常的风险明显增加。     

脑源性神经营养因子基因单核苷酸多态性与陕西汉族海洛因依赖群体的相关性研究

目的探讨脑源性神经营养因子(BDNF)基因多态性与海洛因依赖的相关性。方法对符合纳入及排除标准的海洛因依赖组308例及健康对照组317例进行临床资料收集与血样采集。采用飞行时间质谱分析方法对BDNF rs16917204、rs6265、rs7103873、rs7103873、rs56164415、rs13306221、rs2030323共7个多态性位点进行分型,数据采用SPSS 20.0和HaploView 4.0软件进行统计学分析。结果 rs6265位点基因型频率分布在海洛因依赖组及健康对照组中存在统计学差异(χ2=15.151,P=0.001)。与健康对照组相比,海洛因依赖组rs6265位点G等位基因频率显著高于健康对照组(χ2=9.864,P=0.002,OR=1.429,95%CI=1.143~1.786)。rs13306221位点基因型频率分布在海洛因依赖组及健康对照组中存在统计学差异(χ2=7.699,P=0.006)。与健康对照组相比,海洛因依赖组G等位基因频率显著高于健康对照组(χ2=7.137,P=0.008,OR=0.539,95%CI=0.340~0.853)。连锁不平衡检验发现,由rs6265与rs71038731(block1)构建的单倍型为强连锁不平衡(D>0.9;r2>0.8)。在海洛因依赖组及健康对照组中,G-G单倍型频率分布存在显著性差异,健康对照组中G-G单倍型频率显著高于海洛因依赖组(χ2=4.546,P=0.033)。结论 BDNF基因rs6265及rs13306221多态性位点可能与海洛因依赖有关,携带有rs6265位点G等位基因及rs13306221位点G等位基因的个体更易形成海洛因依赖,携带有G-G单倍型(rs6265-rs71038731)的个体相对不易对海洛因产生依赖。     

陕西人群环氧化酶-2(COX-2)启动子区基因多态性及与结直肠癌易感性的关联研究

目的探讨陕西人群环氧化酶-2(COX-2)基因启动子区的rs20417G/C及rs2745557G/A 2个位点的基因多态性并分析其与结直肠癌(CRC)发病风险及病理参数的相关性。方法采用病例-对照研究,利用聚合酶链式反应和限制性片段长度多态性(PCR-RFLP)技术,对198例CRC患者和200例健康人(入组者均长期居住在陕西省西安市及周边县、市)的COX-2基因的2个位点的多态性进行检测,并运用SPSS 19.0软件统计分析各位点的基因型分布和等位基因频率。分析其与CRC发病风险及病理参数的相关性。结果在陕西人群中,COX-2rs20417G/C位点多态性的GC或CC基因型频率与对照组的差异无统计学意义,而GC+CC基因型频率在病例组的频率显著高于对照组(OR=1.61;95%CI:1.02².56)。病例组含有C等位基因的GC或CC基因型的淋巴结转移以及肿瘤分期与GG基因型比较,差异有统计学意义(P<0.01及P<0.01);两个等位基因频率分布均与发病部位无显著相关性。而COX-2rs2745557G/A位点多态性结果显示:GA基因型在病例组的频率较对照组显著增高(OR=1.98,95%CI:1.152.56)。病例组含有C等位基因的GC或CC基因型的淋巴结转移以及肿瘤分期与GG基因型比较,差异有统计学意义(P<0.01及P<0.01);两个等位基因频率分布均与发病部位无显著相关性。而COX-2rs2745557G/A位点多态性结果显示:GA基因型在病例组的频率较对照组显著增高(OR=1.98,95%CI:1.15³.40),AA基因型在病例组中的频率亦较对照组高(OR=1.87,95%CI:1.093.40),AA基因型在病例组中的频率亦较对照组高(OR=1.87,95%CI:1.09³.19),A等位基因携带者在病例组中的频率高于对照组(OR=1.92,95%CI:1.183.19),A等位基因携带者在病例组中的频率高于对照组(OR=1.92,95%CI:1.18³.13)。含有A等位基因的GA或AA基因型相对于GG基因型,淋巴结转移以及肿瘤分期差异均有统计学意义(P均<0.01);两个等位基因频率分布均与发病部位无显著相关性。结论相同环境条件下,陕西人群中携带COX-2rs20417C等位基因型的个体和rs2745557A等位基因型的个体患CRC的风险增加,rs20417C等位基因频率、rs2745557的A等位基因频率与CRC发生发展及淋巴结转移密切相关。两个基因位点的各等位基因频率与CRC的发生部位均无明显相关性。     

陕西关中人群骨质疏松性骨折与细胞色素P450芳香化酶编码基因的关联分析

目的 探讨骨质疏松性髋部骨折(osteoporotic hip fracture, OHF)与细胞色素P450芳香化酶编码基因(cytochrome P450c19, CYP19)多态性的关系.方法 采用群体关联分析的方法,对来自陕西关中人群的400例OHF患者和400例正常对照的7个单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphisms, SNP)位点进行了分型实验和单体型的病例-对照研究.结果 共700个个体分型成功,haploview关联分析识别出了3个单体域的单体型,并挑选出7个标签SNP.方差分析的结果表明,位于CYP19基因的SNP位点rs643892和rs3781590以及单体域3区多态性与髋部骨折之间存在相关性.结论 细胞色素P450芳香化酶编码基因和我们所研究的陕西关中汉族群体的骨质疏松性骨折(osteoporotic fracture, OF)发病率关联.细胞色素P450芳香化酶编码基因可能对中国陕西关中汉族人群OHF的发病率有影响.     

Association between the -1562 C/T polymorphism in the MMP-9 promoter and phenotype of esophageal squamous cell carcinoma in northern Chinese population

Objective To conduct a case-control study on the association of the nucleotide polymorphisms in the promoter region of the matrix metalloproteinase-9 (MMP-9) gene with phenotype of esophageal cancer. Methods All subjects were unrelated residents in northern regions of China. Polymerase chain reaction-restriction fragment length polymorphism (PCR-RFLP) analysis was used to determine the MMP-9 genotypes. Results The overall distribution of genotypes in the patients was not different from that in the controls (OR=0.77, 95% CI=0.45-1.34; P=0.36). There were no significant differences between the patients and the control subjects in terms of the distributions of sex and age, smoking status, alcohol dependence, pickled diet status, or history of environmental exposure. The patients were further examined with stratifications by age, sex, grade, depth of tumor invasion, lymphatic invasion, venous invasion and TNM staging. The results showed no pronounced association among the stratifications. Conclusion There is no significant association between the MMP-9 single nucleotide polymorphism genotypes and phenotype of esophageal cancer.     

乳腺癌BRCA1相互作用蛋白1基因功能区单核苷酸多态性与习惯性流产的相关性

目的探讨乳腺癌易感基因相互作用蛋白1(BRCA1 interacting protein C-terminal helicase 1, BRIP1)基因功能区4个单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphisms, SNPs)位点与习惯性流产的相关性。方法严格按照诊断标准,采集无关习惯性流产患者291例(病例组)、健康对照组281例(对照组)外周静脉血,提取基因组DNA,采用基质辅助激光解吸电离飞行时间质谱技术对4个SNPs位点进行分型;采用SPSS 20.0及Haploview4.2软件分析位点基因型、等位基因及单倍型频率分布及两组间的差异。结果 BRIP1基因外显子18 rs4986764位点病例组CC基因型频率明显高于对照组(χ~2=6.469,P=0.039);病例组C等位基因频率明显高于对照组(χ~2=4.893,P=0.027,OR=1.330,95%CI=1.033～1.714)。连锁不平衡分析表明,由rs11079454-rs4986763-rs494986764构成的单倍型高度连锁(D'>0.9,r~(2 )>0.8),对照组T-T-T单倍型频率明显高于病例组(χ~2=8.043,P=0.005,OR=0.565,95%CI=0.381～0.840);病例组T-C-C单倍型频率明显高于对照组(χ~2=4.392,P=0.036,OR=1.540,95%CI=1.027～2.310)。结论 BRIP1基因第18外显子rs4986764位点可能与习惯性流产有关,携带有C等位基因的个体可能更容易习惯性流产。     

血管内皮生长因子基因与习惯性流产的相关性

目的探讨血管内皮生长因子(vascular endothelial growth factor,VEGF)基因10个单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphism,SNP)位点与习惯性流产的相关性。方法严格按照诊断标准,选取无亲缘关系的习惯性流产患者241名(习惯性流产组)及健康体检者265名(正常对照组);采取静脉血,提取基因组DNA,采用基质辅助激光解吸电离飞行时间质谱技术检测10个SNP的基因型;采用SPSS11.5及Haploview 4.2软件统计分析基因型、等位基因及单倍型频率在病例组和对照组中的差异。结果 VEGF基因rs3025020(内含子6)及rs3025039(3′非翻译区)基因型及等位基因频率分布在习惯性流产组和正常对照组中的差异有统计学意义(P<0.05)。习惯性流产组rs3025020位点T等位基因频率显著高于正常对照组(P=0.000 2,OR=1.620,95%CI=1.260~2.084);习惯性流产组rs3025039位点T等位基因频率显著高于正常对照组(P=0.001,OR=1.628,95%CI=1.209~2.192)。连锁不平衡分析发现4个单倍型高度连锁(D′>0.9)。习惯性流产组A-C单倍型(rs833069-rs3024998)频率显著低于正常对照组(P=0.034);习惯性流产组T-G-C单倍型(rs3025020-rs3025030-rs3025039)频率显著低于正常对照组(P=0.032);习惯性流产组C-G-C单倍型(rs3025020-rs3025030-rs3025039)频率显著高于正常对照组(P=0.0002)。结论 VEGF基因rs3025020、rs3025039位点可能与习惯性流产有关,携带有C-G-C单倍型(rs3025020-rs3025030-rs3025039)的个体可能更容易患习惯性流产。     

microRNA-491-5p血浆水平及其靶基因多态性与早发冠心病易感性的研究

目的通过病例对照研究,探讨陕西省汉族人群血浆miRNA-491-5p水平和miRNA-491-5p(has-miR-491-5p)靶基因基质金属蛋白酶-9(MMP-9)单核苷酸多态性(SNP)改变与早发冠心病(pCAD)发生风险及预后的关系。方法连续收集pCAD病例270例,对照组300例。用聚合酶链反应-限制性片段长度多态性方法(PCR-RFLP)检测has-miR-491-5p靶基因MMP-9rs1056628的多态性,同时比较各种基因型与pCAD发生的相关性。结果 rs1056628位点存在A-C多态性,与CC基因型(发生率42%)相比,携带CA、AA基因型的个体冠心病的发生率为31%,差异有统计学意义(P=0.045);携带CA/AA基因型冠心病在低水平总胆固醇(TC)、较低水平的低密度脂蛋白胆固醇(LDL-C)人群中的患病风险降低更为显著。结论 has-miRNA-491-5p靶基因MMP-9rs1056628C-A多态性改变可降低pCAD的发生率,携带C等位基因是pCAD发病的独立危险因素。     

胃癌hPOT1基因单核苷酸多态性与幽门螺杆菌感染的关系

目的探讨胃癌中人端粒保护蛋白1基因(hPOT1)IVS13-98G/T位点单核苷酸多态性与幽门螺杆菌(H.pylori)感染的关系。方法采用聚合酶链反应和限制性片段长度多态性技术(PCR-RFLP)对150例外科手术切除的胃癌患者和156例正常对照者行基因型分析,采用PCR和Warthin-Starry银染色法检测幽门螺杆菌。结果胃癌组hPOT1IVS13-98 T/G位点GG、GT、TT基因型的频率分别22.00%、41.67%、36.67%,G、T等位基因频率分别为42.67%、57.33%;对照组GG、GT、TT基因型的频率分别为24.36%、51.92%、23.72%,G、T等位基因频率分别为49.68%和50.32%。两组G、T等位基因型频率比较无统计学意义(2χ=3.0257,P=0.0820)。以T/T基因型作为参照基因型,G/T和G/G两种基因型OR值分别为0.432(95%CI:0.242-0.772,P=0.005)、0.540(95%CI:0.274-1.064,P=0.075)。胃癌中3种基因型H.pylori的检出率无统计学意义(P>0.05)。结论hPOT1 IVS13-98G/T单核苷酸多态性可能与甘肃胃癌高发区的胃癌患者有关,可能为胃癌的保护因素。胃癌hPOT1 IVS13-98G/T单核苷酸多态性与H.pylori感染无关。