基于GEO数据库筛选慢性乙型病毒性肝炎患者对干扰素α治疗无应答相关的关键免疫基因和通路 |
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引用本文: | 吴凤萍,鲁瑞,刘怡欣,李梅,石娟娟,党双锁.基于GEO数据库筛选慢性乙型病毒性肝炎患者对干扰素α治疗无应答相关的关键免疫基因和通路[J].西安交通大学学报(医学版),2022(3):407-412. |
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作者姓名: | 吴凤萍 鲁瑞 刘怡欣 李梅 石娟娟 党双锁 |
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作者单位: | 西安交通大学第二附属医院感染科 |
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基金项目: | 陕西省重点研发计划一般项目-社会发展领域(No.2020SF-297)和(No.2021SF-227)~~; |
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摘 要: | 目的 基于GEO数据库筛选接受干扰素α(IFN-α)治疗的慢性乙型病毒性肝炎(CHB)患者中应答者(Rs)和无应答者(NRs)之间差异表达的免疫基因,以探索IFN-α治疗CHB失败的分子基础。方法 从GEO数据库中下载基因芯片数据集GSE27555,包含6例Rs和7例NRs。使用R软件筛选Rs和NRs肝脏组织的差异表达基因,再从免疫相关基因数据库ImmPort下载包含1 793个基因在内的标志性免疫基因集,提取差异表达基因中的免疫基因,获取差异免疫基因。再对差异免疫基因进行基因本体论(gene ontology, GO)和京都基因与基因组百科全书(kyoto encyclopedia of genes and genomes, KEGG)分析。通过STRING在线分析工具构建差异免疫基因的蛋白-蛋白相互作用(PPI)网络,进一步利用Cytoscape软件中的Cytohubba插件对差异免疫基因按Degree、MCC、MNC、Closeness算法计算评分位于前10的基因,再取交集,得到枢纽基因(Hub基因)。结果 从Rs与NRs间共筛选出差异免疫基因88个,其中上调基因13个,下调基因...
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关 键 词: | GEO数据库 慢性乙型病毒性肝炎 干扰素α 生物信息学 差异免疫基因 |
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