|
|||||
|
|
| DNA序列分析的高效算法研究及比较 | |
| 引用本文： | 王仲君,曹兴芹,毛黎明.DNA序列分析的高效算法研究及比较[J].武汉理工大学学报(交通科学与工程版),2005,29(4):542-545. |
| 作者姓名： | 王仲君 曹兴芹 毛黎明 |
| 作者单位： | 1. 武汉理工大学理学院,武汉,430063;华中科技大学计算机科学学院,武汉 430071 2. 华中科技大学计算机科学学院,武汉 430071 3. 武汉理工大学理学院,武汉,430063 |
| 基金项目： | 国家自然科学基金项目资助（批准号：70371063） |
| 摘 要： | 对海量数据的处理，最有效的方法是并行计算。因此，对DNA序列比对进行并行化，以及对BLAST算法进行并行化改进，以提高对大数据量处理的能力，尽管在CLUSTER上的计算效率较超级计算机上的效率低。但CLUSTER较超级计算机费用低，有较大的适用性，而高性能计算机是处理海量数据的强有力的工具，生命科学中计算问题必须进行超级计算已是不争的事实，现代生命科学对超级计算已显示出强烈依赖和迫切需求，文中对BLAST算法进行改进，提出一种局部并行化的DNA序列比对算法，为了检验算法的科学性和适用性，将此算法与超级计算机的高效并行算法——改进的FFT算法相比较及分析。 |
| 关 键 词： | BLAST算法 并行计算 DNA序列比对 FFT算法 |
| 收稿时间： | 2005-05-14 |
| 修稿时间： | 2005年5月14日 |
Research and Comparison of Great Efficiency Algorithm on DNA Sequence Alignment |
|
| Wang Zhongjun,Cao Xingqin,Mao Liming.Research and Comparison of Great Efficiency Algorithm on DNA Sequence Alignment[J].journal of wuhan university of technology(transportation science&engineering),2005,29(4):542-545. | |
| Authors: | Wang Zhongjun Cao Xingqin Mao Liming |
| Abstract: | The paper issues a improvement about BLAST algorithm which is a local parallel algorithm about DNA sequence alignment. In order to test science character and applicability of the algorithm, we compare with a kind of improving FFT algorithm which implements in the Super Computer, and analyze their results. |
| Keywords: | BLAST algorithm Parallel DNA sequence alignment FFT algorithm |
| 本文献已被 维普 万方数据 等数据库收录！ | |