基于生物信息学探讨胰腺导管癌患者基因表达谱的变化

目的分析胰腺癌患者癌组织和癌旁组织的差异表达基因特征及其关键调控蛋白,为胰腺癌的预防及治疗提供理论依据。方法从Pubmed基因芯片数据库(GEO Database)中下载胰腺癌患者基因芯片数据,并将数据导入GCBI、networkAnalyst及Genclip等分析软件,分析癌组织和癌旁组织的基因表达谱、基因功能、蛋白质相互作用网络等,筛选两组之间的关键节点基因。结果癌组织和癌旁组织的基因表达谱有明显差异;在分析的28 869个基因中,癌组织和癌旁组织之间有4 447(15.40%)个差异表达基因;前250个差异表达基因蛋白相互作用网络分析发现5个关键蛋白(SMURF1、MET、BCL2L1、RALA和ERBB4),主要与蛋白结合及细胞外区域信号通路密切相关。结论癌组织和癌旁组织的基因表达谱有明显不同,提示基因转录谱在肿瘤的发生中发挥着调节作用;SMURF1及MET基因对胰腺癌的发生均有一定的预测能力,并可能受到蛋白结合和细胞外区域信号通路的调节而发挥生物学作用。     

胰腺癌转移相关基因的生物信息学分析

目的通过对胰腺癌转移相关基因芯片数据进行生物信息学分析,为探索胰腺癌转移的分子机制提供理论依据。方法从基因芯片公共数据库(GEO)下载胰腺癌转移相关基因芯片数据,经R语言数据预处理及筛选差异表达基因后,分别通过DAVID在线分析软件、STRING在线数据库、Cytoscape软件和GEPIA在线分析工具进行差异表达基因的功能注释、通路分析、蛋白互作网络分析及预后分析。结果共筛选出109个胰腺癌转移差异表达基因,其中上调49个,下调60个;功能注释和通路分析发现,这些基因主要集中在急性炎症反应、蛋白质活化级联、细胞外基质构建、细胞外基质分解等生物学过程,以及补体和凝血级联、PPAR信号通路、PI3K-Akt信号通路、ECM受体相互作用等通路。蛋白互作网络分析获得2个关键模块和10个关键基因,分别为ORM1、IGFBP1、HPX、F2、APOA1、ALB、PLG、SERPINC1、KNG1和INS。预后分析得到4个基因的表达水平与胰腺癌患者总生存时间显著相关,分别是SCG5、CRYBA2、CPE和CHGB。结论通过生物信息学的方法对胰腺癌转移相关基因芯片数据进行数据挖掘,为深入研究胰腺癌转移的相关分子机制提供了理论依据。     

急性砷染毒的L-02细胞的基因芯片分析

目的　用基因芯片分析急性砷染毒时人正常肝细胞 (L 0 2细胞 )基因表达谱的变化。方法　亚砷酸钠染毒L 0 2细胞 2、15、2 4h与未染毒的L 0 2细胞作表达谱基因芯片杂交。结果　L 0 2细胞用砷剂染毒后不同时间基因表达谱不同。hCYR6 1基因在细胞染毒 2h后就表达增加 ,而在 15h和 2 4h后均不再升高 ;在细胞染毒后的不同时段 ,细胞金属硫蛋白Ⅳ及金属硫蛋白Ⅲ同源基因的表达均显著增加 ;热休克蛋白 86基因在细胞染毒 2h未增加 ,在 15h和2 4h表达均增加。结论　细胞接触砷毒后进入应激状态 ,合成最必需的与解毒功能相关的蛋白 ,而抑制暂时非必需蛋白的合成     

大骨节病患者外周血真菌毒素环境反应基因表达谱的研究

目的比较分析真菌毒素环境反应基因在大骨节病(KBD)患者和正常对照者外周血中的表达谱差异,探讨其与KBD患病风险的相关性。方法收集25例KBD成年患者和17例正常对照个体外周血样品,提取总RNA。采用Agilent全基因组表达芯片、单基因表达分析和基因集富集表达分析技术(GSEA),比较真菌毒素环境反应基因在KBD患者和正常对照个体外周血中的基因表达谱差异。基因表达芯片数据采用RT-PCR进行验证。结果①T-2毒素、雪腐镰刀菌烯醇、玉米赤霉烯酮、脱氧镰刀菌烯醇、黄曲霉毒素B1、赫曲霉毒素A和胶霉毒素相关的11个环境反应基因在KBD患者和正常对照个体外周血中的表达水平存在显著差异(表达率>2.0或<0.5),功能主要涉及细胞凋亡、免疫炎症和蛋白合成与修饰等。②真菌毒素相关的11个环境反应基因在KBD患者外周血中显著上调(P<0.05),功能涉及细胞凋亡、外环境刺激反应、生长发育和氧化还原反应等。结论多种真菌毒素环境反应基因在KBD患者外周血中表达异常。真菌毒素可能通过影响相关环境反应基因的表达,诱发软骨细胞功能障碍,导致关节软骨损伤。     

应用基因芯片技术筛选克山病差异表达基因

目的应用基因芯片技术筛选克山病(Keshan disease,KD)患者和正常对照者外周血差异表达基因并对其进行分析,探讨KD发病的分子机制。方法收集16例KD患者和16例病区健康对照外周血样品,提取总RNA,纯化后合成cRNA探针;采用Agilent全基因组表达芯片检测基因表达的差异,以SAM4.0软件,结合IPA软件比较KD患者和正常对照个体外周血中的基因表达谱差异、功能及通路分析。结果与对照组相比,KD患者血样中差异表达基因上调的有59个,下调的有19个,基因功能主要涉及代谢、转录、离子通道与运输蛋白、蛋白质的合成与修饰、信号转导等;生物功能主要涉及细胞凋亡、细胞功能修复、分子转运、细胞增殖和分化、细胞间信号转导等。网络蛋白介导的内吞作用是差异最显著的通路。结论 KD患者外周血单核淋巴细胞多个差异表达基因显著不同于正常人,主要涉及细胞增殖、细胞凋亡、细胞功能修复等,这些基因可能在克山病发生发展中发挥重要的作用。     

Affymetrix基因芯片测序技术分析垂体对大鼠椎动脉型颈椎病模型的调控机制

目的分析椎动脉型颈椎病(CSA)模型大鼠垂体组织差异基因表达谱变化,探讨垂体对CSA的调控机制。方法将10只SPF级雄性Wistar大鼠随机分为模型组和正常组,采用复合造模法建立CSA模型,模型成功后取垂体组织,提取总RNA,用全基因芯片检测基因表达谱,筛选差异基因,进行基因本体论(GO)、信号通路分析差异基因在信号通路上的富集程度、分子功能和生物学过程。结果与正常组比较,差异基因表达谱分析显示:差异基因总数为321个(|fold change︱>2,P<0.05),其中表达上调的基因有203个,下调的有118个;富集的GO功能共有1 294条,涉及对细胞间信号转导活性的调节、神经细胞功能的调节、对外界刺激的应激反应及凝血功能的调节、血管形成的调节以及调节内膜系统、细胞周期等;参与调节的信号通路共有145条,包括脂肪细胞因子信号通路、TGF-β信号通路、AMPK信号通路、PPAR信号通路、Wnt信号通路、MAPK信号转导通路等。结论垂体对CSA的调控主要通过对炎性刺激、免疫调节、椎动脉功能及内膜系统等的调节实现。     

盐负荷对培养人内皮细胞基因表达谱的影响

目的 利用基因芯片技术检出与培养基盐浓度直接相关的人内皮细胞差异表达基因.方法 以培养人脐静脉内皮细胞为研究对象,用10mmol/L NaCl干预培养的内皮细胞12h,用8000点表达谱基因芯片检测出干预组和对照组的内皮细胞差异表达基因.结果 8000点基因芯片检测结果发现10mmol/L NaCl干预组内皮细胞D63424、HUMTOPII、HUMMTTRPR、HSRAB7、HUMDNAJHOM(GenBank ID)等24个基因的表达较对照组显著上调,而HUMHHR6A、AF116272、AF131808、I78456、HSA011712等27个基因表达显著下调.结论 发现了与盐负荷直接相关的培养人脐静脉内皮细胞差异表达基因谱的改变,为进一步进行血压盐敏感性标志的筛选提供依据.     

不同表型的人宫颈癌细胞亚克隆株的基因表达谱

目的　采用基因芯片技术分析同一人宫颈癌细胞株来源 ,锚着依赖性不同的两个亚克隆细胞株的侵袭相关基因表达。方法　采用有限稀释法建立CS12 13细胞的CS0 3和CS0 7亚克隆细胞株 ,检测其在软琼脂中的集落形成率 ,分别用流式细胞术和免疫组化法观察细胞黏附分子CD4 4和E cadherin、Fibronetin的表达 ,并将CS0 3和CS0 7细胞的总RNA经逆转录获得的cDNA作为探针 ,与含 10 11个与细胞信号转导和细胞膜受体相关基因表达谱芯片杂交 ,信号用ScanArray 30 0 0扫描分析。结果　CS0 3和CS0 7细胞的集落形成率分别是 0和 38.5 % ,CD4 4表达分别是 35 .1%和 13.7% ;两者的基因表达谱差异明显 ,CS0 3细胞中表达上调的基因为 12个 ,CS0 7细胞中有 2 1个基因表达增加 ,其中一些与细胞增生、迁移、凋亡 ,细胞间信号传导和肿瘤转移相关 ,包括p34cdc2 、转化生长因子 β刺激蛋白 (TSC2 2 )、纤维蛋白酶原活性因子抑制剂 (PAI 1)和桥粒相关蛋白 (PININ)等。结论　同一来源的人宫颈癌细胞株中有多个差异表达基因 ,它们参与人宫颈癌细胞的表型特征 ,可能影响肿瘤的进展。     

基因表达谱芯片技术筛选乙型肝炎病毒核心蛋白结合蛋白基因C1反式调节基因

目的对未知功能基因C1转染人肝母细胞瘤细胞系(HepG2)后的基因表达谱进行分析,探索该基因的表达对肝细胞基因表达谱的影响及其可能的调节功能线索。方法以分子生物学技术构建C1的真核表达载体pcDNA3.1(-)-C1,以表达质粒pcDNA3.1(-)-C1转染HepG2细胞,空载体pcDNA3.1(-)为平行对照,制备转染后的细胞裂解液,提取mRNA,逆转录为cDNA。应用基因表达谱芯片技术对差异表达的mRNA进行检测和分析。结果HepG2细胞经转染C1表达质粒后,有26条差异表达基因,其中24条基因表达水平下调,2条基因表达水平上调。这些差异表达的基因与细胞信号转导、凋亡、细胞增生分化及肿瘤的发生密切相关。结论应用基因表达谱芯片成功筛选了C1转染细胞后差异表达基因,为进一步阐明C1蛋白可能的生物学功能及乙型肝炎病毒核心蛋白的致病机制提供了理论依据。     

应用基因芯片技术对Graves病免疫相关基因的研究

目的　应用基因芯片技术研究Graves病 (GD)和正常成人甲状腺组织免疫相关基因的差异表达 ,探讨Graves病的发病机制。方法　GD组为我院普外科GD患者手术切除的甲状腺组织 ,正常对照组标本取自本科甲状腺腺瘤患者瘤旁正常组织。诊断均经临床及病理证实。组织离体后立即液氮保存备用。两组各取组织 2 0 0mg ,进行总RNA抽提及mRNA纯化。 5 78点免疫相关基因表达谱芯片、芯片杂交试剂盒购自联合基因公司。用cy 5d UTP标记GD组 ,用cy 3d UTP标记正常对照组 ,将芯片和标记探针杂交 ,用ScanArray 30 0 0扫描芯片 ,观察扫描结果。ImaGence 3.0软件分析cy 3、cy 5两种荧光信号的强度和比值。基因显性差异表达的标准为 :Ratio>2 .0或Ratio<0 .5 (Ratio=cy 5 /cy 3)。 结果　GD患者和正常对照组之间共筛选出 80条差异表达基因 (已全部在GenBank登录 ) ,其中表达增加的基因有 31条 ( 2 .0倍以上 ) ,表达降低的基因有 4 9条 ( 0 .5倍以下 )。从中可发现差异表达的基因不但包括细胞因子及其受体相关基因 ,还与抗氧化、细胞受体、细胞信号转导、蛋白翻译合成、DNA结合转录、细胞器的融合等基因的表达密切相关。结论　基因芯片筛选GD与正常成人甲状腺组织差异表达基因具有样品用量少、高速度、高敏感等特性。GD的发病是多     

西安市新型冠状病毒肺炎患者淋巴细胞计数的动态变化与疾病进展分析

目的探讨西安市新型冠状病毒肺炎患者的临床特征及病程中淋巴细胞计数的动态变化与疾病进展的关系。方法回顾性分析2020年1月22日至2020年2月16日西安交通大学第一附属医院感染科收治的15例新型冠状病毒肺炎患者的临床资料。结果 15例新型冠状病毒肺炎患者中男性8例,女性7例,年龄范围为22～89岁。其中普通型12例(80%),重型1例(6.67%),危重型2例(13.33%);有6组家庭内聚集发病。多数患者(14/15,93.3%)均有不同程度发热,平均发热时间为(2.80±1.66)d,由发热到确诊的平均时间为(2.83±2.29)d。患者的主要伴随症状是干咳(8/15,53.33%)和气短(4/15,26.67%)。9例(60%)患者入院时淋巴细胞计数降低,包括全部重症患者(重型患者1例,危重型患者2例)和6例(6/12,50%)普通型患者。随着病程延长,普通型患者淋巴细胞计数呈逐渐升高趋势,重型患者淋巴细胞计数呈波动型,危重型患者淋巴细胞计数始终处于偏低水平,甚至总体有下降趋势。结论西安新型冠状病毒肺炎主要呈家庭内聚集发病。大部分患者淋巴细胞计数降低,尤以重症患者为著。患者入院时的淋巴细胞计数和病程中淋巴细胞计数的动态变化趋势可能是预测疾病严重程度及预后的重要指标。     

浅谈沥青路面早期病害因素

质量是公路工程建设的永恒主题 ,本文从材料、设计、施工方面等分析沥青路面容易出现病害的几种原因     

妊娠滋养细胞疾病与“二胎”妊娠

随着"二胎"政策全面实施,瘢痕子宫、高龄产妇带来了很多妇科和产科的难题。在重视和应对产科挑战的同时,我们应该同样重视"二胎"妊娠带来的妇科问题,其中葡萄胎发病率升高,可能继发妊娠滋养细胞肿瘤,及妊娠滋养细胞肿瘤患者治疗后的二胎问题,都是目前关注的热点。本文围绕妊娠滋养细胞疾病与"二胎"妊娠的问题,阐述了年龄与妊娠滋养细胞疾病发生发展的关系,化疗对妊娠滋养细胞肿瘤患者卵巢功能的影响,化疗过程中卵巢功能的保护,及治疗后再次妊娠的时机及预后等问题。     

大骨节病和腺病毒感染的相关性研究

目的研究腺病毒感染与大骨节病(KBD)发病的关系。方法用巢式聚合酶链式反应(Nest-PCR)检测KBD病区和非病区儿童全血及KBD患者血清接种软骨细胞的腺病毒DNA,酶联免疫吸附实验(ELISA)检测KBD病区和非病区儿童血清腺病毒IgG抗体。结果KBD病区KBD儿童、病区对照组儿童和非病区儿童全血腺病毒DNA的阳性率分别为33.33%、34.92%和28.57%,腺病毒IgG抗体的阳性率分别为68.29%、65%和68.97%,差异无统计学意义(P>0.05);KBD患者血清培养细胞腺病毒DNA的PCR结果均为阴性。结论KBD病区和非病区儿童腺病毒均有较高的检出率;KBD的发病和腺病毒感染可能无直接病因学关系。     

浅析沥青路面的病害

从施工角度及外部因素分析了沥青混凝土路面的病害。     

公路病害治理探析

根据多年的养护工作经验,对公路病害产生的机理,进行了全面分析,并对治理的方法进行了介绍。     

平山病的临床特征和神经电生理诊断

目的探讨平山病的临床和神经电生理特点,提高临床医师对该病的诊断水平。方法收集2010年1月至2012年4月我科收治的12例平山病患者的临床及神经电生理资料,对其特征进行分析。结果①患者均为男性,起病年龄为18.1岁,均有头、颈反复屈曲史。单侧起病9例,其中3例双侧不对称性受累。11例伴有冷麻痹,所有患者均有手指伸展时震颤和前臂斜坡样萎缩。②感觉神经传导均正常,均未见运动神经传导阻滞,运动神经传导异常主要为尺神经混合肌肉动作电位(CMAP)波幅减低。③交感皮肤反应异常率60%,主要为双上肢波潜伏时延长。④针电极肌电图异常率以下颈髓支配肌肉最高。结论该病有其特定的发病年龄及特殊的临床症状和体征,神经传导检查有助于除外尺神经及臂丛神经损害,针电极肌电图对确诊本病非常重要。     

浅谈沥青路面常见病害及防治措施

介绍了沥青路面常见病害 ,高温变形、开裂和水害的产生原因及防治措施。     

桥梁工程常见病害及加固措施

随着交通运输事业日益发展,我国现有公路桥梁所承受的荷载呈现出新的特点:交通量不断增大;重型车辆增加及超载现象严重;超限运输的出现和增加。这使得公路桥梁负荷日趋加重,桥梁承载力普遍不足。按现在桥梁和运输状况,桥梁的承载能力和通过的车辆荷载是公路与运输的矛盾之一。公路旧桥具有荷载等级低、使用年限长的特点,大部分旧桥都存在技术资料缺失,旧桥的老化,破损和设计荷载标准的陈旧等问题突出。加强公路旧桥的管理,正确评估旧桥的承载能力,并进行维修和加固,从而提高旧桥的承载能力,充分发挥旧桥的作用,使其保持良好的工作状态,确保公路运输的安全,是公路管理部门的一项主要任务。     

脉压对冠状动脉病变的影响

目的探讨脉压[PP=收缩压(SBP)-舒张压(DBP)]对冠状动脉病变的影响。方法对221例经冠状动脉造影确诊的冠心病患者,分析其SBP、DBP和PP高低与冠脉病变支数、记分及临床表现的差别。结果①高SBP组[≥140mmHg(1mmHg=0.133kPa)]和高DBP组(>81mmHg)较低SBP组(<140mmHg)和低DBP组(≤80mmHg)年龄大,女性比例高,不稳定心绞痛(UA)和急性心肌梗死(AMI)比例低。②高PP组(≥50mmHg)较低PP组(<50mmHg)年龄大,女性比例高,UA和AMI比例差别消失,多支血管病变多。结论与高SBP组和高DBP组的临床表现不同,高PP组多支血管病变多,而患UA和AMI的比例与低PP组比无明显差异。