人颈椎间盘退变基因表达谱的研究

目的探讨人的颈椎间盘组织基因表达谱的变化,分析椎间盘退变的发生机制。方法改进的一步法抽取6例退变和6例正常颈椎间盘髓核的总RNA,用Cy3、Cy5荧光标记制成cDNA探针,再与22 575个cDNA基因表达芯片杂交,激光扫描荧光信号,对差异基因表达谱进行分析。结果进行6次扫描,退变和正常椎间盘髓核组织共有570个基因发生了差异表达,其中上调550个,下调20个。结论多种基因表达异常与颈椎间盘退变相关。     

MICROARRAY ANALYSIS OF DIFFERENT GENE EXPRESSION OF HUMAN CERVICAL CANCER SUBCLONE CELL LINES

Objective To examine the differentially expressed invasion-related genes in two anchorage-independent uterine cervical carcinoma cell lines derived from the same patient using a cDNA array. Methods Two human uterine cervical carcinoma subclonal cell lines CS03 and CS07 derived from a single donor line CS1213 were established by limited dilution procedure. The two cDNA samples retro-transcribed from total RNA derived from CS03 and CS07 cells were screened by a cDNA microarray carrying 234 human cell-cycle related genes and 1011 human signal transduction and membrane receptor -associated genes, scanned with a ScanArray 3000 laser scanner. Results The cDNA microarray analysis showed that ]2 genes in CS03 were up-regulated compared to CS07, and 24 genes in CS07 were upregulated. The function of a number of differentially expressed genes was consistently associated with cell-cycle, cell proliferation, migration, apoptusis, signal transduction and tumor metastasis, including p34^cdc2, TSC22, plasminogen activator inhibitor Ⅰ （PAI-1）and desmusome associated protein（Pinin）. Conclusion Multiple genes are differentially expressed in uterine cervical carcinoma cell lines even came from the same patient. It is suggested that these genes are involved in the different phenotypic characteristics and development of cervical carcinoma.     

应用免疫组织化学方法评价组织芯片的可靠性

目的探讨组织芯片技术在免疫组化试验中的可靠性和提高组织芯片可信性的方法。方法选择82例人乳腺癌标本石蜡蜡块,利用传统制片技术和自行研制的专用器具分别制作常规石蜡切片和组织芯片,采用免疫组化技术检测雌激素受体(ER)、孕激素受体(PR)的表达。结果采用自行研制的专用器具制备组织芯片,所得样本的可分析率均在92.9%以上,且随着对同一标本取材数量的增加,其可分析标本率也明显上升。采用传统方法检测的82例乳腺癌标本中ER和PR的阳性率分别为61%和58.5%;采用组织芯片技术,一式一份取材,其阳性率分别为51.9%和50.0%,一式两份方式取材,其阳性率分别为53.8%和53.8%,采用一式三份方式取材,其阳性率分别为57.1%和60.7%,且三种不同取材方式的检测结果与传统制片法之间并无统计学差异(P>0.75)。结论在采用统一制备标准并保证组织芯片质量的前提下,挖取直径1.5mm的组织样本制备组织芯片,尽管组织芯片技术与传统方法检测的结果的一致率仍随着对同一标本取材次数的增加而提高,但是三种不同取材方式的检测结果之间并无统计学差异。因此,一式一份取材制备组织芯片完全可替代传统制片技术用于免疫组织化学乃至原位杂交、荧光原位杂交技术的研究,且可保证组织芯片的可信性和高通量特征。     

放射抗拒性鼻咽癌细胞系的建立及差异表达基因

目的 筛选同一来源放射敏感性不同鼻咽癌细胞基因差异表达,探讨鼻咽癌放射抗拒机理.方法 用X射线间歇多次照射鼻咽癌细胞株CNE-2建立放射抗拒性细胞CNE-2R,采用BioStarH-141s型基因芯片检测CNE-2与CNE-2R差异表达基因.结果 CNE-2和CNE-2R细胞有差异表达的基因308条,上调176个,下调132个.在差异表达的基因中,有76个位点出现6倍以上的差异,其中36个下调、40个上调,包括与DNA修复相关、细胞周期、凋亡、细胞骨架相关蛋白、细胞增殖、代谢、蛋白质合成、信号转导、免疫相关等方面相关的基因,基因分布变化较明显的主要是DNA修复相关基因、细胞骨架、细胞周期和凋亡相关基因.结论 CNE-2细胞反复照射后产生放射抗拒性细胞,在基因水平上发生了某些突变,通过调控其中相关基因,就有可能调控细胞的放射敏感性.     

miR-125a-3p和miR-17-5p在激素性股骨头坏死中的作用

目的探讨激素性股骨头坏死中miRNA的差异性表达变化。方法取激素性股骨头坏死的坏死区域骨组织为实验组,其股骨颈基底部骨组织为对照组;分别提取总RNA并进行质检;采用miRNA芯片技术检测miRNAs的表达并对其表达谱进行分析;运用实时定量PCR对差异明显的miR-125a-3p和miR-17-5p进行验证。结果对激素性股骨头坏死中miRNA表达谱进行差异性分析。和对照组相比,实验组中倍数大于2倍,P<0.05的miRNA共有11个。8个miRNA表达上调,3个表达下调。实时定量PCR证实miR-125a-3p在坏死标本中高表达,而miR-17-5p呈现低表达,与miRNA芯片结果一致。结论激素性股骨头坏死区域骨组织与对照组相比miRNAs表达发生明显变化,以miR-125a-3p和miR-17-5p差异最为明显。这表明了它们最有可能参与了激素性股骨头坏死病理过程的调控。     

基于近似约简的基因选择方法

为了对癌症等疾病分型、诊断及进行病理学研究,利用基因微阵列数据识别疾病相关基因.考虑到了基因微阵列数据是典型的矛盾决策系统,在证明矛盾系统在近似分布集上是协调的这一事实的基础上提出了一套近似分布约简理论,讨论了不同近似分布集上约简之间的关系,提出了基于近似约简的基因选择方法.使用两组真实的基因表达数据对所提出的方法进行了验证.实验结果表明,该方法能在保持分类能力的情况下降低特征基因集的相关性,从而显著地减少特征基因的数量.     

大骨节病患者外周血真菌毒素环境反应基因表达谱的研究

目的比较分析真菌毒素环境反应基因在大骨节病(KBD)患者和正常对照者外周血中的表达谱差异,探讨其与KBD患病风险的相关性。方法收集25例KBD成年患者和17例正常对照个体外周血样品,提取总RNA。采用Agilent全基因组表达芯片、单基因表达分析和基因集富集表达分析技术(GSEA),比较真菌毒素环境反应基因在KBD患者和正常对照个体外周血中的基因表达谱差异。基因表达芯片数据采用RT-PCR进行验证。结果①T-2毒素、雪腐镰刀菌烯醇、玉米赤霉烯酮、脱氧镰刀菌烯醇、黄曲霉毒素B1、赫曲霉毒素A和胶霉毒素相关的11个环境反应基因在KBD患者和正常对照个体外周血中的表达水平存在显著差异(表达率>2.0或<0.5),功能主要涉及细胞凋亡、免疫炎症和蛋白合成与修饰等。②真菌毒素相关的11个环境反应基因在KBD患者外周血中显著上调(P<0.05),功能涉及细胞凋亡、外环境刺激反应、生长发育和氧化还原反应等。结论多种真菌毒素环境反应基因在KBD患者外周血中表达异常。真菌毒素可能通过影响相关环境反应基因的表达,诱发软骨细胞功能障碍,导致关节软骨损伤。     

激光显微切割联合功能分类表达谱芯片技术在脑缺血研究中的应用

目的探讨激光捕获显微切割分离大鼠脑微血管和神经元联合功能分类表达谱cDNA芯片技术在脑缺血研究的应用。方法激光捕获显微切割获取脑切片微血管和神经元,微量RNA提取试剂盒提取总RNA,线性扩增mRNA,紫外分光光度计定量所得aRNA(antisense RNA)扩增效率,基因特异性引物进行cDNA探针合成,进行芯片杂交反应。结果微血管和神经元各自捕获的总点数大约为8000~10000,T7线性扩增所得aRNA的量约为500~1000ng,探针合成效率高,杂交反应格局清晰良好。结论激光捕获显微切割,结合T7RNA线性扩增及基因特异性引物线性扩增技术,可成功的应用于功能分类表达谱cDNA芯片的分析研究。     

不同表型的人宫颈癌细胞亚克隆株的基因表达谱

目的　采用基因芯片技术分析同一人宫颈癌细胞株来源 ,锚着依赖性不同的两个亚克隆细胞株的侵袭相关基因表达。方法　采用有限稀释法建立CS12 13细胞的CS0 3和CS0 7亚克隆细胞株 ,检测其在软琼脂中的集落形成率 ,分别用流式细胞术和免疫组化法观察细胞黏附分子CD4 4和E cadherin、Fibronetin的表达 ,并将CS0 3和CS0 7细胞的总RNA经逆转录获得的cDNA作为探针 ,与含 10 11个与细胞信号转导和细胞膜受体相关基因表达谱芯片杂交 ,信号用ScanArray 30 0 0扫描分析。结果　CS0 3和CS0 7细胞的集落形成率分别是 0和 38.5 % ,CD4 4表达分别是 35 .1%和 13.7% ;两者的基因表达谱差异明显 ,CS0 3细胞中表达上调的基因为 12个 ,CS0 7细胞中有 2 1个基因表达增加 ,其中一些与细胞增生、迁移、凋亡 ,细胞间信号传导和肿瘤转移相关 ,包括p34cdc2 、转化生长因子 β刺激蛋白 (TSC2 2 )、纤维蛋白酶原活性因子抑制剂 (PAI 1)和桥粒相关蛋白 (PININ)等。结论　同一来源的人宫颈癌细胞株中有多个差异表达基因 ,它们参与人宫颈癌细胞的表型特征 ,可能影响肿瘤的进展。     

急性砷染毒的L-02细胞的基因芯片分析

目的　用基因芯片分析急性砷染毒时人正常肝细胞 (L 0 2细胞 )基因表达谱的变化。方法　亚砷酸钠染毒L 0 2细胞 2、15、2 4h与未染毒的L 0 2细胞作表达谱基因芯片杂交。结果　L 0 2细胞用砷剂染毒后不同时间基因表达谱不同。hCYR6 1基因在细胞染毒 2h后就表达增加 ,而在 15h和 2 4h后均不再升高 ;在细胞染毒后的不同时段 ,细胞金属硫蛋白Ⅳ及金属硫蛋白Ⅲ同源基因的表达均显著增加 ;热休克蛋白 86基因在细胞染毒 2h未增加 ,在 15h和2 4h表达均增加。结论　细胞接触砷毒后进入应激状态 ,合成最必需的与解毒功能相关的蛋白 ,而抑制暂时非必需蛋白的合成