一种从血浆及血清中提取循环microRNA的方法

目的提取和检测血浆和血清中的循环microRNA(miRNA)分子。方法使用TRI REAGENT?BD试剂盒提取血浆和血清中的总RNA分子后,运用非变性凝胶电泳方法进行检测。随后采用miRNA反转录试剂盒反转录miRNA的cDNA分子,并使用实时定量荧光PCR方法检测miRNA分子。结果成功提取和检测到了血浆和血清中的总RNA,同时实时定量荧光PCR方法检测出血浆和血清中的循环miRNA分子。结论成功提取和检测到血浆和血清中的循环miRNA,并可用于实时定量PCR实验,为进一步的miRNA的理论研究和临床应用奠定了一定的实验基础。     

U6和let-7a作为定量检测miRNAs的内参在大鼠软骨中稳定性的比较

目的比较U6和let-7a两种内参在RT-qPCR方法检测大鼠股骨头软骨样本microRNAs(miRNAs)的稳定性。方法取软骨生成过程的新生(D0)、断乳(D21)、性成熟(D42)3个时间节点的雌性近交系DA大鼠股骨头软骨,提取总RNA,用RT-qPCR方法分别在U6和let-7a两种内参体系下,检测miR-1、-25、-26a、-140、-146a、-150、-181a、-195、-223、-337等的表达,并与课题组前期获得的二代测序绝对定量结果进行比较,综合评价两种内参的稳定性。结果在D42样本中U6(P=0.045)、let-7a(P=0.021 5)的相对值出现了显著性差异;在两种内参体系中miR-26a、-140、-223、-337的表达趋势相同,miR-1、-146a差异无统计学意义,miR-25、-150、-181a、-195都出现了显著性差异(P<0.05)。综合二代测序绝对定量结果比较,let-7a稳定性优于U6。结论 let-7a稳定性优于U6,更适合做软骨miRNA定量的内参。     

激光显微切割联合功能分类表达谱芯片技术在脑缺血研究中的应用

目的探讨激光捕获显微切割分离大鼠脑微血管和神经元联合功能分类表达谱cDNA芯片技术在脑缺血研究的应用。方法激光捕获显微切割获取脑切片微血管和神经元,微量RNA提取试剂盒提取总RNA,线性扩增mRNA,紫外分光光度计定量所得aRNA(antisense RNA)扩增效率,基因特异性引物进行cDNA探针合成,进行芯片杂交反应。结果微血管和神经元各自捕获的总点数大约为8000~10000,T7线性扩增所得aRNA的量约为500~1000ng,探针合成效率高,杂交反应格局清晰良好。结论激光捕获显微切割,结合T7RNA线性扩增及基因特异性引物线性扩增技术,可成功的应用于功能分类表达谱cDNA芯片的分析研究。     

大鼠海马组织RNA、DNA和蛋白质共提取方法的研究

目的探讨Trizol法同时提取大鼠单侧海马组织RNA、基因组DNA和蛋白质的可行性及优势。方法 Trizol法提取成年雄性Sprague-Dawley大鼠单侧海马组织RNA、基因组DNA以及蛋白质;商业化试剂盒提取另一侧海马组织基因组DNA,RIPA裂解液提取蛋白质。用超微量分光光度计和SYBR实时定量RT-PCR法检测Trizol法提取的RNA的质量,利用超微量分光光度计和聚合酶链式反应(PCR)法比较两种方法提取DNA的效果及质量,采用Western blot法比较两种方法提取蛋白质的效果。结果 Trizol法提取单侧海马RNA的质量浓度介于1 178.3² 225.8ng/μL之间,A260/280介于2.012 225.8ng/μL之间,A260/280介于2.01².03,A260/230介于1.882.03,A260/230介于1.88².22,并获得了稳定的β-actin和GR循环域值。Trizol法和试剂盒提取单侧海马DNA的质量浓度分别介于215.72.22,并获得了稳定的β-actin和GR循环域值。Trizol法和试剂盒提取单侧海马DNA的质量浓度分别介于215.7²71.8ng/μL和268.6271.8ng/μL和268.6⁸72.5ng/μL之间,均适于充当PCR反应模板。Trizol法和RIPA裂解液提取的蛋白质在Western blot法检测目的蛋白含量的过程中均呈现清晰的条带。结论 Trizol法提取大鼠单侧海马组织RNA的同时提取的DNA和蛋白质,与商业化试剂盒和RIPA裂解液从不同海马组织中分别提取基因组DNA和蛋白质的效果相当。采用Trizol法同时提取海马组织的RNA、DNA和蛋白质,不仅提高了实验效率、节约了实验成本,而且有效避免了因反复实验操作带来的人为干扰及误差。     

miR-125a-3p和miR-17-5p在激素性股骨头坏死中的作用

目的探讨激素性股骨头坏死中miRNA的差异性表达变化。方法取激素性股骨头坏死的坏死区域骨组织为实验组,其股骨颈基底部骨组织为对照组;分别提取总RNA并进行质检;采用miRNA芯片技术检测miRNAs的表达并对其表达谱进行分析;运用实时定量PCR对差异明显的miR-125a-3p和miR-17-5p进行验证。结果对激素性股骨头坏死中miRNA表达谱进行差异性分析。和对照组相比,实验组中倍数大于2倍,P<0.05的miRNA共有11个。8个miRNA表达上调,3个表达下调。实时定量PCR证实miR-125a-3p在坏死标本中高表达,而miR-17-5p呈现低表达,与miRNA芯片结果一致。结论激素性股骨头坏死区域骨组织与对照组相比miRNAs表达发生明显变化,以miR-125a-3p和miR-17-5p差异最为明显。这表明了它们最有可能参与了激素性股骨头坏死病理过程的调控。     

三阴性乳腺癌差异表达miRNA的筛选

目的应用miRNA芯片技术筛选三阴性乳腺癌及癌旁组织差异表达的miRNAs,为进一步阐明其在三阴性乳腺癌发病机制中的作用奠定基础。方法收集8例新鲜的三阴性乳腺癌及其癌旁组织,抽提总RNA进行Hy3荧光标记,miRCURYTMLNA Array(v.16.0)(Exiqon)芯片上进行杂交反应,实时定量PCR验证miRNAs芯片结果的可靠性。结果对芯片进行图像扫描和数据分析,筛选获得17个三阴性乳腺癌相关miRNAs,其中7个miRNAs表达上调,10个miRNAs表达下调;显著上调的有miR-93、miR-328,显著下调的有miR-145、miR-205。结论筛选得到三阴性乳腺癌miRNA差异表达谱,其可能与三阴性乳腺癌的发生发展有关。     

子宫内膜癌干细胞分化过程中microRNA表达谱的鉴定及分析

目的筛选子宫内膜癌干细胞分化过程中差异表达的microRNAs(miRNAs)并进行初步鉴定。方法无血清悬浮培养法富集子宫内膜癌干细胞,贴壁培养获得其分化细胞。利用microRNA芯片比较肿瘤干细胞及其分化细胞之间miRNAs的表达差异,挑选出有显著差异的miRNAs,通过RT-qPCR进行验证,应用TargetScan等数据库预测其靶基因;同时,芯片检测肿瘤干细胞及其分化细胞之间基因表达的差异,结合预测的miRNAs靶基因进行综合分析。结果 microRNA芯片筛选得到子宫内膜癌干细胞及其分化细胞之间差异表达(相差倍数2倍以上)的miRNAs有11个,其中在肿瘤干细胞中表达上调的miRNAs 10个,分别为miR-522、miR-139-3p、miR-520c-5p、miR-518d-5p、miR-146b-5p、miR-34a、miR-526a、miR-193a-3p、miR-221、miR-4674;在肿瘤干细胞中低表达的miRNA 1个,为miR-760。RT-qPCR检测结果显示,除miR-526a、miR-4674以外,其余9个miRNAs在肿瘤干细胞及分化细胞间的相对表达量均存在显著差异,与芯片检测结果一致。TargetScan、miRanda及miRTarBase在线数据库的交集中,筛选的miRNAs均可预测到靶基因。基因芯片检测肿瘤干细胞及其分化细胞,表达有显著性差异的基因共445个,其中207个在肿瘤干细胞中高表达,238个在肿瘤干细胞中低表达,与预测的miRNAs靶基因进行综合分析后发现,除miR-139-3p外,两者均有交集。结论子宫内膜癌干细胞分化过程中部分miRNAs的表达具有显著性变化,对此进行深入探索将为肿瘤干细胞的分化机制研究提供新的线索。     

辛伐他汀对人慢性粒细胞白血病细胞K562基因表达的影响

目的应用基因芯片技术研究辛伐他汀对K562细胞基因表达的影响,初步探讨其作用机理。方法辛伐他汀作用K562细胞48h后,提取细胞总RNA。纯化mRNA后再逆转录为cDNA,将cDNA在体外转录合成cRNA,用随机引物反转录为cDNA,用Klenow酶标记Cy3、Cy5,与定制的包含人全基因组的基因芯片杂交,扫描芯片荧光信号,用GenePixPro4.0图像分析软件对芯片图像进行分析。定量RT-PCR验证芯片结果中两个差异表达基因。结果基因芯片检测发现共有176条基因表达发生明显改变,包括16条未知基因表达改变。其中151条基因表达上调,25条基因表达下调。根据基因功能的不同,我们初步将其分为凋亡相关、信号转导相关、细胞周期相关等几大类。定量RT-PCR验证的基因表达变化趋势与表达谱芯片的结果相吻合。结论辛伐他汀作用K562细胞后能引起多种基因表达改变,这为探讨其作用机制提供了新的依据。     

RD-PCR技术在酵母基因表达谱研究中的应用

目的　应用RD PCR技术分离酵母基因。方法　首先提取酿酒酵母 (Saccharomycescerevisiae)总RNA ,纯化mRNA ;然后 ,反转录成双链cDNA ;再用限制性内切酶Sau3AI酶切 ,在酶切片段上加上接头后 ,用通用引物U进行第一次PCR扩增 ,以这一产物为模板用选择性引物(在通用引物的 3’端延伸两个碱基 )作第二次PCR扩增。 5 %PAGE胶分离基因片段 ,选择单带割胶回收 ,做第三次PCR扩增 ,与载体连接 ,最后进行测序分析。结果　采用这种方法分离得到的基因片段 ,经Blast检索分析 ,确为来自酿酒酵母基因的cDNA片段或表达序列标签 (EST)。结论　RD PCR技术可以有效地分离EST ,可用于酵母基因表达调控的研究。